Urodzona w pałacu Linlithgow w West Lothian 8 grudnia 1542 r., Maria została królową Szkotów, gdy miała sześć dni.
Jej roszczenia do tronu Anglii były prawie tak silne jak jej roszczenia do tronu Szkocji. Jako prawnuczka Henryka VII Angielskiego, Maria była następna w kolejce do tronu angielskiego, po dzieciach Henryka VIII.
Zważywszy na jej młodość i płeć, szkocka szlachta zdecydowała, że musi zawrzeć pokój z Anglią, i zgodzili się, by poślubiła syna Henryka VIII, przyszłego Edwarda VI.
Nie prędzej jednak traktat został zaaranżowany, niż katolicy sprzeciwiający się planowi zabrali młodą Marię do zamku Stirling i ku wściekłości Henryka zerwali związek, woląc powrócić do tradycyjnego sojuszu Szkocji z Francją.
Henry thereupon nakazał dziką serię najazdów do Szkocji znany jako „The Rough Wooing”. Jego armia podpaliła opactwo Holyroodhouse, w którym pochowano Jakuba V, spaliła uprawy w dolinie Tweed i podpaliła opactwa graniczne Melrose, Jedburgh i Dryburgh.
Niezrażony, Szkoci w 1548 zaręczył Maryję do francuskiego króla Henri II dziedzica, Delfin Franciszek, i wysłał ją do wychowania na francuskim dworze. Mówi się, że pisownia nazwiska królewskiej rodziny Stewart zmienił się na Stuart w tym czasie, aby dopasować francuski konwencjonalny spelling.
Wysoki, zgrabny i szybki, Maria poślubiła Delfina w Paryżu w dniu 24 kwietnia 1558 roku. W 1559 r. zastąpił on na tronie swego ojca, czyniąc Marię królową Francji, a także Szkocji, ale jego panowanie było krótkie, gdyż zmarł w 1560 r. na zapalenie ucha.
W następnym roku, mimo ostrzeżeń przyjaciół, Maria zdecydowała się wrócić do Szkocji, teraz oficjalnie protestanckiego kraju po reformach religijnych przeprowadzonych przez Johna Knoxa.
Była rzymską katoliczką, ale jej przyrodni brat, lord James Stewart, późniejszy hrabia Moray, zapewnił ją, że będzie mogła wyznawać swoją religię tak, jak zechce, i w sierpniu 1561 r. powróciła do kraju, spotkała się z niespodziewanie ciepłym przyjęciem ze strony swoich protestanckich poddanych.
Początkowo Maria rządziła pomyślnie i z umiarem, korzystając z rad lorda Jamesa i Williama Maitlanda z Lethington, subtelnego dyplomaty. Jednak jej małżeństwo w 1565 r. z drugim kuzynem Henrykiem, lordem Darnley (prawnukiem Henryka VII) zapoczątkowało tragiczną serię wydarzeń, pogorszoną przez skłóconych szkockich szlachciców.
Narodziny syna Marii i Darnleya, Jamesa, tego samego lata nie poprawiły ich stosunków, a kiedy Darnley został zamordowany w Kirk o’Field, tuż za murami Edynburga 10 lutego 1567, ludzie podejrzewali, że była zamieszana w zbrodnię.
Jej kolejne małżeństwo trzy miesiące później z hrabią Bothwell (powszechnie uważanym za głównego mordercę) przyniosło jej nieuchronną ruinę. Jej protestanccy lordowie powstali przeciwko niej, a jej armia zmierzyła się z ich armią na Carberry Hill, niedaleko Edynburga, 15 czerwca 1567 roku.
Poddała się, została uwięziona w zamku Lochleven, Kinross-shire i zmuszona do abdykacji na rzecz swego niemowlęcego syna. Bothwell uciekł do Skandynawii, gdzie został aresztowany i był więziony aż do śmierci.
Mary uciekła z Lochleven w 1568 r., ale została pokonana w bitwie pod Langside, niedaleko Glasgow, 13 maja. Uciekając na południe, szukała schronienia w Anglii, wierząc, że królowa Elżbieta I poprze jej sprawę, ale zamiast tego była przetrzymywana w niewoli w Anglii przez 19 lat.
Ognisko długiej serii rzymskokatolickich spisków przeciwko Elżbiecie, których kulminacją był spisek Babingtona, mający na celu zamordowanie angielskiej królowej, doprowadziło do tego, że ministrowie Elżbiety zażądali egzekucji Marii: „tak długo jak jest w niej życie, jest nadzieja; tak długo jak oni żyją w nadziei, my żyjemy w strachu”.
Maryja została ostatecznie stracona w zamku Fotheringhay w Northamptonshire 8 lutego 1587 roku, w wieku 44 lat.
Pochowano ją w katedrze w Peterborough, ale w 1612 roku jej syn Jakub VI i I kazał ekshumować jej ciało i umieścić je w krypcie kaplicy króla Henryka VII w opactwie westminsterskim.