Staden Clovis började som ett fraktstopp längs San Joaquin Valley Railroad. SJVRR organiserades den 15 januari 1890 av Fresnos affärsmän Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray och William M. Williams i samarbete med Michiganjärnvägsspekulanten Marcus Pollasky. SJVRR började byggas i Fresno den 4 juli 1891 och nådde Clovis M. Coles och George Owens jordbruksmark i oktober samma år. Järnvägen köpte en vägrätt från båda jordbrukarna, hälften från vardera – den östra sidan från Cole och den västra sidan från Owen – och drog spåren upp längs gränsen mellan de två egendomarna. Järnvägen gick med på att etablera en station på den västra sidan av spåren och att kalla den ”Clovis”. Stationen i Clovis, som uppkallades efter Clovis Cole, placerades på Owens sida av spåret.
Cole och Owen sålde senare mark till Marcus Pollasky för utveckling av en stadsdel. Fresnos civilingenjör Ingvart Tielman kartlade stadsområdet på Pollaskys vägnar den 29 december 1891. Den ursprungliga stadsdelen hade gator som var uppkallade efter järnvägens tjänstemän och huvudinvesterare: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun och (O. D.) Baron. Stadsdelen, som Pollasky kallade ”Clovis” efter Clovis Station, anlades på det som ursprungligen var Owens mark.
Järnvägen färdigställdes så långt som till staden Hamptonville (numera Friant) vid San Joaquin-flodens stränder, bara 42 km från dess utgångspunkt i Fresno. Av bolagsordningen för San Joaquin Valley Railroad framgår att bolaget hade för avsikt att bygga 160 mil spår, inklusive sidospår och sporrar, genom jordbruksmarken öster om Fresno, och sedan norrut till skogs- och mineralresurserna i Sierra-fotbergen. På den tiden kallades Hamptonville för ”Pollasky”. Onsdagen före Thanksgiving 1891 firades slutförandet av spårläggningen vid Pollasky-terminalen, och enligt uppgift deltog 3 000 Fresnaner i firandet. Järnvägen började officiellt trafikera i januari 1892.
Järnvägens första verksamhetsår sammanföll med början på en djup nationell ekonomisk nedgång. Jordbrukarna kunde inte få en lönsam avkastning på sina grödor, banker och järnvägar gick i konkurs över hela landet. SJVRR kunde inte generera tillräckliga intäkter för att betala sin skuld, hyrdes ut till Southern Pacific Railroad och köptes därefter av SPRR 1893. Genom att minska järnvägens tidtabell och skära ner på kostnaderna kunde Southern Pacific göra en liten vinst under de första åren efter förvärvet.
Till samma tid som järnvägen planerades började en grupp timmermän från Michigan att förvärva tusentals tunnland timmer i Sierra Nevada cirka 75 mil nordost om Fresno. En damm byggdes över Stevenson Creek för att skapa en sjö som skulle göra det möjligt för dem att flytta färskt avverkat timmer till ett sågverk vid sidan av sjön. De byggde sedan en 68 km lång, 7,6 m hög, V-formad ränna som började vid foten av dammen. När virket var grovhugget vid sågverket lastades det i rännan och drevs med vatten till ett hyvleri öster om järnvägsstationen i Clovis, där Clovis Rodeo och Clark Intermediate School ligger i dag. Timmerverket och varvet hade ett eget järnvägsnät för att flytta virket runt varvet och för att ansluta till SJVRR strax söder om Clovis station.
Färdigställandet 1894 av timmerflöjten och inledandet av sågverksverksamheten gav impulsen till ytterligare utveckling av området kring Clovis station. Staden började ta form i takt med att timmerverksanställda byggde bostäder i närheten av sina arbetsplatser. Serviceföretag, kyrkor och skolor blev nödvändiga, och staden började byggas. Clovis första postkontor öppnade 1895. I en tidningsartikel från 1896 beskrivs att staden hade en befolkning som närmade sig 500 invånare.
Clovis införlivades som stad i februari 1912. De viktigaste gatorna i stadens centrum fick namn efter järnvägens tjänstemän. Fulton Street fick senare namnet Front Street, sedan Main Street och är nu Clovis Avenue.
Timmerverket brann 1914 och återuppbyggdes inte. På området finns nu Clark Intermediate School och Clovis Rodeo Grounds. Clovis har en lång historia som en västerländsk stad som är känd för sin slogan ”Clovis – A Way of Life”. Sedan 1914 har Clovis Rodeo hållits den sista helgen i april, med en parad på lördagsmorgonen, följt av rodeo på eftermiddagen och hela söndagen. Till ”Clovis way of life” bidrar också ett antal gatufestivaler, bland annat Big Hat Days, ClovisFest och den veckovisa fredagskvällens bondemarknad som hålls mellan mitten av maj och mitten av september varje år.
Den sista överlevande strukturen som byggdes av järnvägen är en depå som nu ligger i närheten av platsen för den ursprungliga stationen i Clovis. De tidigaste bilderna, från omkring 1910, visar depån som ligger framför vinhuset Tarpey söder om korsningen mellan Ashlan och Clovis Avenues. År 1999 flyttades den till sin nuvarande plats i stadens centrum, vid det nordöstra hörnet av Clovis Avenue och Fourth Street, och restaurerades av Clovis Big Dry Creek Historical Society med finansiering, arbetskraft och material som donerats av lokala företag och entreprenörer.
Marcus Pollasky var advokat, född i Michigan och bodde i Chicago strax innan han kom till Fresno. Under hela sitt liv försökte han skapa flera projekt som liknade SJVRR, bland annat i Eureka, Kalifornien, Virginia, Michigan och Oklahoma. Få av dem byggdes någonsin. År 1896 stämde Pollasky Collis P. Huntington i domstolarna i Los Angeles för de pengar han förlorade i Fresno, ”medan han var engagerad i ett gemensamt företag med svaranden Huntington”. Det har länge spekulerats i att Pollasky var agent för Southern Pacific, och denna stämning om ”joint venture” verkar bevisa detta.
Många byggnader i stadskärnan har renoverats. Äldre skyltfönster på Clovis Avenue, huvudgatan som löper genom staden, har restaurerats och nya byggnader har utformats med fasader som liknar dem som fanns i början av 1900-talet. Den historiska stadskärnan har återuppstått som ”Old Town Clovis”.