Jackson valdes i den andra rundan (37:e totalt) i NBA-draften 1997 av Golden State Warriors. Eftersom han föll till den andra rundan valde Jackson att börja sin proffskarriär i Europa för att tjäna mer pengar för att försörja sin mor och yngre bror och bättre utveckla sina färdigheter innan han började i NBA. Han tillbringade tre år utomlands och spelade för Tofaş Bursa (Turkiet), Lobos Caja Cantabria (Spanien) och Cantabria Lobos (Spanien), innan han återvände till USA och debuterade för Warriors år 2000.
Jackson gjorde ett omedelbart genomslag för Warriors, och ledde alla rookies i poäng och rebounds, samtidigt som han höll sig i närheten av toppen av listan i mål- och frikastprocent. Han utsågs till All-Rookie-laget och slutade trea i omröstningen om Årets rookie. Som restricted free agent i slutet av säsongen skrev Jackson på ett sexårigt erbjudande på 24,375 miljoner dollar med Houston Rockets, vilket Warriors matchade. Trots Jacksons framgångar var han fast bakom Adonal Foyle, Danny Fortson och Erick Dampier i Golden States djupledslista, och han uttryckte sitt missnöje med att Warriors front office matchade erbjudandet, i stället för att låta honom få mer speltid någon annanstans.
I samband med att NBA:s deadline för byteshandel gick ut 2002, bytte Warriors Jackson till Minnesota Timberwolves, för att spela tillsammans med Kevin Garnett. Den 23 juli 2003 byttes han till sin hemstad Philadelphia 76ers i en fyra-lagsaffär. Han missade 57 matcher på grund av skada under sin första säsong i Philadelphia, men kom tillbaka året därpå och ledde laget i rebounds och var tvåa i poäng, vilket hjälpte Sixers att återvända till slutspelet. Under sin tid i Philadelphia delade han upp tiden mellan positionerna Center och Power Forward.
Den 9 augusti 2005 byttes Jackson till New Jersey Nets efter att en affär för att få in Shareef Abdur-Rahim från Portland Trail Blazers till Nets föll igenom. Före trade deadline 2005-06 byttes han av Nets till New Orleans Hornets. År 2007 skrev han på för det grekiska ligalaget Olympiacos, men släpptes efter att inte ha passat in i systemet hos lagets nya tränare Panagiotis Giannakis. I augusti 2008 skrev Jackson kontrakt med UNICS Kazan i den ryska superligan, och han meddelade sin pensionering kort efter att ha skrivit på för Obradoiro CAB 2009.