Clovisin kaupunki sai alkunsa tavaraliikenteen pysäkkinä San Joaquin Valley Railroadin varrella. Fresnolaisten liikemiesten Thomas E. Hughesin, Fulton Berryn, Gilbert R. Osmunin, H.D. Colsonin, John D. Grayn ja William M. Williamsin 15. tammikuuta 1890 yhdessä michiganilaisen rautatiespekulantin Marcus Pollaskyn kanssa perustama SJVRR aloitti rakennustyöt Fresnossa 4. heinäkuuta 1891, ja se saavutti Cloviksen M. Colen ja George Owenin viljelysmaat lokakuussa samana vuonna. Rautatie osti molemmilta maanviljelijöiltä tieoikeuden, puolet kummaltakin – itäpuolen Colelta ja länsipuolen Owenilta – ja kuljetti raiteet näiden kahden kiinteistön välistä rajaa pitkin. Rautatie suostui perustamaan aseman radan länsipuolelle ja antamaan sille nimen ”Clovis”. Clovisin asema, joka nimettiin Clovis Colen mukaan, sijoitettiin Owenin puolelle rataa.
Cole ja Owen myivät myöhemmin maata Marcus Pollaskylle kaupunkialueen kehittämistä varten. Fresnon rakennusinsinööri Ingvart Tielman kartoitti kaupunginosan Pollaskyn puolesta 29. joulukuuta 1891. Alkuperäisessä kaupunginosassa oli katuja, jotka oli nimetty rautateiden virkailijoiden ja pääsijoittajien mukaan: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun ja (O. D.) Baron. Kaupunki, jonka Pollasky nimesi ”Clovis” Clovisin aseman mukaan, perustettiin alueelle, joka oli alun perin Owenin maata.
Rautatie valmistui Hamptonvillen kaupunkiin (nykyisin Friant) San Joaquin -joen rannalla, vain 42 kilometrin (26 mailin) päähän lähtöpisteestään Fresnosta. San Joaquin Valley Railroadin yhtiöjärjestys osoittaa, että yhtiö aikoi rakentaa 100 mailin pituisen radan sivuraiteineen ja sivuhaaroineen Fresnon itäpuolella sijaitsevien maatalousalueiden läpi ja sitten pohjoiseen Sierra Foothillsin metsä- ja mineraalivaroihin. Hamptonvillea kutsuttiin tuolloin nimellä ”Pollasky”. Pollaskyn päätepysäkillä pidettiin radanrakentamisen valmistumisen kunniaksi juhlat keskiviikkona ennen kiitospäivää vuonna 1891, ja niihin osallistui tiettävästi 3 000 fresnalaista. Rautatie aloitti virallisen liikennöinnin tammikuussa 1892.
Rautatien ensimmäinen toimintavuosi osui samaan aikaan, kun kansantaloudessa alkoi syvä taloudellinen taantuma. Maanviljelijät eivät pystyneet saamaan kannattavaa tuottoa sadostaan, pankit ja rautatiet kaatuivat valtakunnallisesti. SJVRR ei kyennyt tuottamaan riittävästi tuloja maksaakseen velkansa, se vuokrattiin Southern Pacific Railroadille ja myöhemmin SPRR osti sen vuonna 1893. Vähentämällä rautatien liikennöintiaikataulua ja karsimalla kustannuksia Southern Pacific pystyi tekemään pientä voittoa ensimmäisinä vuosina oston jälkeen.
Samanaikaisesti kun rautatietä suunniteltiin, joukko michiganilaisia metsureita alkoi hankkia tuhansia hehtaareja metsää Sierra Nevadan vuoristosta noin 75 mailia Fresnosta koilliseen. Stevenson Creekin poikki rakennettiin pato, jonka tarkoituksena oli luoda järvi, jonka avulla he voisivat siirtää juuri hakattua puutavaraa järven vieressä sijaitsevaan tehtaaseen. Sen jälkeen he rakensivat 42 mailin (68 km) mittaisen, 7,6 metriä korkean, V-muotoisen uoman, joka alkoi padon juurelta. Kun sahatavaraa sahattiin raakahakattuna tehtaalla, se lastattiin viemäriin ja kuljetettiin veden avulla Clovisin rautatieaseman itäpuolella sijaitsevaan höyläämöön, jossa nykyään sijaitsevat Clovis Rodeo ja Clark Intermediate School. Sahatehtaalla ja ratapihalla oli oma raideverkko, jonka avulla sahatavaraa voitiin kuljettaa ratapihan ympäri ja saada yhteys SJVRR:n ratapihaan Clovisin aseman eteläpuolella.
Sahakourun valmistuminen vuonna 1894 ja sahatehtaan toiminnan aloittaminen antoivat sysäyksen Clovisin aseman ympärillä sijaitsevan alueen kehittämiselle. Kaupunki alkoi muotoutua, kun puutavaratehtaan työntekijät rakensivat asuntoja lähelle työpaikkaansa. Palveluliikkeet, kirkot ja koulut tulivat tarpeellisiksi, ja kaupunki sai alkunsa. Clovisin ensimmäinen postitoimisto avattiin vuonna 1895. Vuoden 1896 sanomalehtiartikkelin mukaan kaupungin väkiluku lähenteli 500:aa asukasta.
Clovis rekisteröitiin kaupungiksi helmikuussa 1912. Kaupungin keskustan pääkadut nimettiin rautateiden virkailijoiden mukaan. Fulton Street nimettiin myöhemmin Front Streetiksi, sitten Main Streetiksi, ja se on nykyään Clovis Avenue.
Puutavaratehdas paloi vuonna 1914, eikä sitä rakennettu uudelleen. Alueella sijaitsevat nykyään Clark Intermediate School ja Clovis Rodeo Grounds. Clovisilla on pitkä historia länsimaalaisena kaupunkina, joka tunnetaan iskulauseestaan ”Clovis – A Way of Life”. Vuodesta 1914 lähtien Clovis Rodeo on järjestetty huhtikuun viimeisenä viikonloppuna, ja lauantaiaamuna järjestetään paraati, jota seuraa rodeo iltapäivällä ja koko sunnuntain ajan. ”Clovisin elämäntapaa” edistävät myös useat katufestivaalit, kuten Big Hat Days, ClovisFest ja viikoittaiset perjantai-illan maalaismarkkinat, jotka järjestetään vuosittain toukokuun puolivälistä syyskuun puoliväliin.
Viimeinen säilynyt rautatien rakentama rakennus on varikko, joka sijaitsee nykyään lähellä alkuperäisen Clovisin aseman paikkaa. Varhaisimmissa, noin vuodelta 1910 peräisin olevissa valokuvissa varikko sijaitsee Tarpeyn viinitilan edessä Ashlan ja Clovis Avenuen risteyksen eteläpuolella. Vuonna 1999 se siirrettiin nykyiselle paikalleen kaupungin keskustaan, Clovis Avenuen ja Fourth Streetin koilliskulmaan, ja Clovis Big Dry Creek Historical Society restauroi sen paikallisten yritysten ja urakoitsijoiden lahjoittamalla rahoituksella, työvoimalla ja materiaaleilla.
Marcus Pollasky oli Michiganissa syntynyt lakimies, joka asui Chicagossa juuri ennen kuin hän tuli Fresnoon. Koko elämänsä ajan hän yritti luoda useita SJVRR:n kaltaisia hankkeita, muun muassa Eurekassa, Kaliforniassa, Virginiassa, Michiganissa ja Oklahomassa. Vain harvoja niistä rakennettiin koskaan. Vuonna 1896 Pollasky haastoi Collis P. Huntingtonin oikeuteen Los Angelesissa niiden rahojen takia, jotka hän oli menettänyt Fresnossa, ”kun hän oli mukana yhteisyrityksessä vastaajan Huntingtonin kanssa”. Pitkään on spekuloitu, että Pollasky oli Southern Pacificin agentti, ja tämä ”yhteisyritys”-oikeudenkäynti näyttää todistavan sen.
Monet kaupungin ydinkeskustan rakennukset on kunnostettu. Kaupungin läpi kulkevan pääkadun, Clovis Avenuen, vanhoja julkisivuja on kunnostettu, ja uusien rakennusten julkisivut on suunniteltu muistuttamaan 1900-luvun alun rakennuksia. Historiallinen keskusta on syntynyt uudelleen nimellä ”Old Town Clovis”.