Fasta-tiedosto

Sekvenssidata sisältää jäämien sekvenssejä ilman rakennetietoja. Tällaisten tiedostojen johtaminen ja tarkkuus on tutkimuksen kohteena, mutta formaatit ovat yleensä yksinkertaisia.

*.fasta

Käyttötarkoitus

Sekvenssitieto, joka tuotetaan FASTA-sekvenssikohdistuspaketilla.

Formaatti

FASTA:n formaatti on kuvattu seuraavassa

Esimerkki

Esimerkin tunnisteena on 2ptl_ (PDB:n nimeä käyttäen). 1-120 kuvaa tiedoston sisältämää jäännösaluetta. : Esimerkki B.9. FASTA

>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFA

Jotkut sovellukset, kuten stepwise ja rna_denovo, ottavat syötteenä useita ketjuja ja sallivat ketjujen ja jäännösten määrittelyn FASTA-otsakkeissa olevilla tunnisteilla, kuten C:10-121.

Katso myös

• Tiedostotyyppien luettelo: Luettelo Rosettassa käytettävistä tiedostotyypeistä
• Rosettan perusteet: Rosettan perusteet -kotisivu
• Asetusten yleiskatsaus: Yleiskatsaus Rosettan komentorivin asetuksista
• Sanasto: Rosettan termien lyhyet määritelmät
• RosettaEncyclopedia: Yksityiskohtaiset kuvaukset Rosettan lisäkäsitteistä.
• Rosetta overview: Katsaus Rosettan tärkeimpiin käsitteisiin
• Sovellusdokumentaatio: Linkkejä erilaisten Rosetta-sovellusten dokumentaatioon