Voit käyttää SMARTia kahdessa eri tilassa: normaali tai genominen.Suurin ero on käytettävässä proteiinitietokannassa. Normaalissa SMARTissa tietokanta sisältää Swiss-Prot-, SP-TrEMBL- ja stabiileja Ensembl-proteomeja. Genomic SMARTissa käytetään vain täysin sekvensoitujen genomien proteomeja; Ensembl metazoanien osalta ja Swiss-Prot muiden osalta. Täydellinen luettelo Genomic SMARTin genomeista on saatavilla täältä.
Normaalin SMARTin proteiinitietokannassa on huomattavaa redundanssia, vaikka identtiset proteiinit on poistettu. Jos käytät SMARTia domain-arkkitehtuurien tutkimiseen tai haluat löytää tarkat domainien lukumäärät eri genomeissa, harkitse siirtymistä Genomic-tilaan. Domeenien annotaatiosivujen luvut ovat tarkempia, eikä arkkitehtuurikyselyn tuloksissa ole monia samaa geeniä vastaavia proteiinifragmentteja. Muista kuitenkin, että tutkit rajoitettua joukkoa genomeja.
Eri värimaailmoja käytetään, jotta voit helposti tunnistaa, missä tilassa olet.
| Normaali tila | Genomitila |
 |
 |
Valitse oletustilasi napsauttamalla yllä olevia kuvia.
Tieto valitsemastasi tilasta tallennetaan selaimen evästeeseen. Jos et jostain syystä halua/voi käyttää evästeitä, käytä SMARTia tämän sivun kautta.