Fichier Fasta

Les données de séquence contiennent des séquences de résidus sans données structurelles. La dérivation et la précision de ces fichiers font l’objet de recherches mais les formats ont tendance à être simples.

*.fasta

But de l’application

Les informations de séquence générées par le paquet d’alignement de séquence FASTA.

Format

Le format de FASTA est décrit ici

Exemple

Dans cet exemple, 2ptl_ est l’identifiant (utilisant le nom de la PDB). 1-120 décrit la gamme de résidus que le fichier contient : Exemple B.9. FASTA

>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFA

Certaines applications, notamment stepwise et rna_denovo, prennent plusieurs chaînes en entrée, et permettent de spécifier la chaîne et les résidus dans des balises comme C:10-121 dans les en-têtes FASTA.

Voir aussi

• Liste des types de fichiers : Liste des types de fichiers utilisés dans Rosetta
• Rosetta Basics : La page d’accueil des bases de Rosetta
• Aperçu des options : Aperçu des options de la ligne de commande de Rosetta
• Glossaire : Brèves définitions des termes de Rosetta
• RosettaEncyclopedia : Descriptions détaillées de concepts supplémentaires dans Rosetta.
• Aperçu de Rosetta : Aperçu des principaux concepts de Rosetta
• Documentation des applications : Liens vers la documentation d’une variété d’applications Rosetta

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