Née au palais de Linlithgow, dans le West Lothian, le 8 décembre 1542, Marie devient reine d’Écosse à l’âge de six jours.
Ses prétentions au trône d’Angleterre étaient presque aussi fortes que ses prétentions au trône d’Écosse. En tant qu’arrière-petite-fille d’Henri VII d’Angleterre, Marie était la suivante dans l’ordre de succession au trône d’Angleterre, après les enfants d’Henri VIII.
Compte tenu de sa jeunesse et de son sexe, la noblesse écossaise décida qu’elle devait faire la paix avec l’Angleterre, et elle accepta qu’elle épouse le fils d’Henri VIII, le futur Édouard VI.
À peine le traité est-il arrangé, cependant, que les catholiques opposés au plan emmènent la jeune Marie au château de Stirling et, à la fureur d’Henri, ils rompent le mariage, préférant revenir à l’alliance traditionnelle de l’Écosse avec la France.
Henry ordonne alors la série sauvage de raids en Écosse connue sous le nom de » La cour brutale « . Son armée met le feu à l’abbaye de Holyroodhouse où James V est enterré, brûle les cultures dans la vallée de la Tweed et incendie les abbayes frontalières de Melrose, Jedburgh et Dryburgh.
Indépendants, les Écossais, en 1548, fiancèrent Marie à l’héritier du roi français Henri II, le Dauphin François, et l’envoyèrent être élevée à la Cour de France. On dit que l’orthographe du nom de famille royal de Stewart changea en Stuart à cette époque, pour s’adapter à l’orthographe conventionnelle française.
Grande, gracieuse et vive d’esprit, Marie épousa le Dauphin à Paris le 24 avril 1558. Il succède au trône de son père en 1559, faisant de Marie la reine de France ainsi que d’Écosse, mais son règne est bref car il meurt d’une otite en 1560.
L’année suivante, malgré les avertissements de ses amis, Marie décide de rentrer en Écosse, désormais officiellement protestante après les réformes religieuses menées par John Knox.
Elle était catholique romaine, mais son demi-frère, Lord James Stewart, plus tard comte de Moray, lui avait assuré qu’elle serait autorisée à pratiquer son culte comme elle le souhaitait et, en août 1561, elle revint, recevant un accueil chaleureux inattendu de la part de ses sujets protestants.
Au début, Marie gouverna avec succès et modération, conseillée par Lord James et William Maitland de Lethington, un diplomate subtil. Cependant, son mariage en 1565 avec son cousin germain Henry, Lord Darnley (arrière-petit-fils d’Henry VII) initie une série d’événements tragiques aggravés par des nobles écossais factieux.
Spoiled et pétulant, Darnley devint l’outil des ennemis de Marie et, avec un groupe de conspirateurs, fit irruption dans sa chambre de souper, menaça la reine lourdement enceinte et assassina son secrétaire, David Riccio, le 9 mars 1566 à l’intérieur du palais de Holyroodhouse.
La naissance de James, le fils de Mary et Darnley, cet été-là, n’a rien fait pour améliorer leur relation, et lorsque Darnley est assassiné à Kirk o’Field, juste à l’extérieur des murs d’Édimbourg, le 10 février 1567, les gens soupçonnent qu’elle est impliquée dans le crime.
Son mariage ultérieur, trois mois plus tard, avec le comte de Bothwell (généralement considéré comme le principal meurtrier) lui apporte une ruine inévitable. Ses lords protestants se soulèvent contre elle et son armée affronte la leur à Carberry Hill, près d’Édimbourg, le 15 juin 1567.
Elle se rendit, fut emprisonnée au château de Lochleven, dans le Kinross-shire, et contrainte d’abdiquer en faveur de son fils en bas âge. Bothwell s’enfuit en Scandinavie, où il est arrêté et retenu prisonnier jusqu’à sa mort.
Mary s’échappe de Lochleven en 1568, pour être vaincue à la bataille de Langside, près de Glasgow, le 13 mai. Fuyant vers le sud, elle cherche refuge en Angleterre, croyant que la reine Elizabeth Ier soutiendrait sa cause, mais au lieu de cela, elle est maintenue en captivité en Angleterre pendant 19 ans.
Au centre d’une longue série de complots catholiques romains contre Élisabeth, culminant avec le complot Babington visant à assassiner la reine d’Angleterre, les ministres d’Élisabeth demandent l’exécution de Marie : « tant qu’il y a de la vie en elle, il y a de l’espoir ; ainsi, comme ils vivent dans l’espoir, nous vivons dans la peur ».
Mary est finalement exécutée au château de Fotheringhay dans le Northamptonshire le 8 février 1587, à l’âge de 44 ans.
Elle fut enterrée dans la cathédrale de Peterborough, mais en 1612, son fils Jacques VI et Ier fit exhumer son corps et le plaça dans le caveau de la chapelle du roi Henri VII dans l’abbaye de Westminster
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