Vous pouvez utiliser SMART dans deux modes différents : normal ou génomique.La principale différence réside dans la base de données de protéines sous-jacente utilisée. Dans SMART normal, la base de données contient Swiss-Prot, SP-TrEMBL et les protéomes Ensembl stables. Dans Genomic SMART, seuls les protéomes des génomes complètement séquencés sont utilisés ; Ensembl pour les métazoaires et Swiss-Prot pour le reste. La liste complète des génomes dans Genomic SMART est disponible ici.
La base de données de protéines dans Normal SMART présente une redondance importante, même si les protéines identiques sont supprimées. Si vous utilisez SMART pour explorer les architectures de domaines, ou si vous voulez trouver le nombre exact de domaines dans divers génomes, envisagez de passer en mode Génomique. Les chiffres dans les pages d’annotation des domaines seront plus précis, et il n’y aura pas beaucoup de fragments de protéines correspondant au même gène dans les résultats de la requête d’architecture. Rappelez-vous que vous explorez un ensemble limité de génomes, cependant.
Des schémas de couleurs différents sont utilisés pour identifier facilement le mode dans lequel vous êtes.
| Mode normal | Mode génomique |
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Cliquez sur les images ci-dessus pour sélectionner votre mode par défaut.
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