De heilige teksten van geopenbaarde godsdiensten mogen dan eeuwig en onveranderlijk zijn, maar zij worden begrepen en toegepast door mensen die in de tijd leven. De christenen geloofden niet alleen dat de Joden de Schrift verkeerd begrepen hadden, waardoor de christelijke herinterpretatie van de Joodse Schrift gerechtvaardigd werd, maar ook dat de gehele Joodse Schrift moest worden opgevat als slechts een gedeeltelijke waarheid bevattende. De hele waarheid was alleen te begrijpen wanneer de Joodse Schrift op de juiste manier werd geïnterpreteerd, op wat de christenen een “geestelijke” manier noemden en niet slechts een “vleselijke” manier.
Hoewel vroegchristelijke teksten en latere pauselijke bevelen de vervolging en gedwongen bekering van Joden hadden verboden, werden deze doctrines vanaf de 11e eeuw minder zorgvuldig nageleefd. Aangewakkerd door een reeks pogroms in zowel Europa als het Midden-Oosten, uitgevoerd in de loop van de Eerste Kruistocht, ging een dieper en wijder verbreid anti-judaïsme een groot deel van de Europese geschiedenis na 1100 kenmerken. In deze periode ontstond ook wat sommige historici een “hersenschimmig” anti-judaïsme hebben genoemd: de opvatting dat de jood niet alleen onwetend is over de geestelijke waarheid en zich hardnekkig verzet tegen de christelijke prediking, maar ook actief het christendom vijandig gezind is en zich schuldig maakt aan gruwelijke misdaden tegen het christendom, zoals de rituele moord op christelijke kinderen en de ontheiliging van de gewijde hostie van de mis. Deze vorm van anti-judaïsme resulteerde in massamoorden op Joden, gewoonlijk op momenten van grote sociale spanningen binnen de christelijke gemeenschappen. Een van de best gedocumenteerde van deze moordpartijen vond plaats in York, Engeland, in 1190.
Vóór de 11e eeuw werden de Joden weinig vervolgd, leefden zij te midden van christenen, en oefenden zij zelfs dezelfde beroepen uit als christenen. De beperkte status van de Joden na die tijd zette velen van hen ertoe aan zich toe te leggen op het uitlenen van geld, wat de vijandigheid van de christenen alleen maar vergrootte (het was christenen verboden geld uit te lenen aan andere christenen). Omdat de Joden vaak namens heersers werk deden dat christenen niet wilden doen of niet werden aangemoedigd om te doen, zoals dienen als arts en financieel ambtenaar, werden Joden gehaat zowel vanwege hun religie als vanwege hun sociale rollen.
De Joodse identiteit werd ook visueel gemarkeerd. Joden werden op bepaalde manieren afgebeeld in de kunst, en het vierde Lateraanse Concilie in 1215 eiste dat Joden herkenningstekens op hun kleding droegen. Zelfs wanneer zij niet wreed werden vervolgd, werden de Joden beschouwd als het eigendom van de territoriale vorsten van Europa en konden zij routinematig economisch worden uitgebuit en zelfs worden verdreven, zoals uit Engeland in 1290, uit Frankrijk in 1306 en uit Spanje in 1492.
Toch geloofden de christenen ook dat het noodzakelijk was dat de Joden onbekeerd bleven voortbestaan, omdat de Apocalyps, of Openbaring aan Johannes, het laatste boek van de christelijke Bijbel, stelde dat de Joden aan het einde der tijden zouden worden bekeerd. Daarom moest er een “reddend overblijfsel” van Joden bestaan, zodat de Bijbelse profetie vervuld zou worden.
Moslims daarentegen bezaten noch de historische status van Joden, noch hun plaats in de heilsgeschiedenis (de loop der gebeurtenissen vanaf de Schepping tot het Laatste Oordeel). Voor veel christelijke denkers waren moslims voormalige christelijke ketters die Mohammed, de profeet van de islam, vereerden en schuldig waren aan het bezetten van het Heilige Land en het bedreigen van het christendom met militair geweld. De Eerste Kruistocht was begonnen om het Heilige Land te bevrijden van de Islamitische heerschappij, en latere Kruistochten werden ondernomen om de oorspronkelijke verovering te verdedigen.
De kruistochtbeweging mislukte om vele redenen, maar hoofdzakelijk omdat niet werd voldaan aan de materiële vereisten voor het in stand houden van een militaire en politieke buitenpost zo ver van het hart van West-Europa. Maar als onderdeel van de Europese cultuur bleef het kruistochtideaal prominent aanwezig, zelfs in de 15e en 16e eeuw, toen het machtige Ottomaanse Rijk inderdaad het Middellandse-Zeegebied en Zuidoost-Europa dreigde te overspoelen. Pas met het Verdrag van Carlowitz in 1699 werd een stabiele grens tussen het Ottomaanse Rijk en het Heilige Roomse Rijk vastgesteld.
Verachting voor de Islam en angst voor de militaire macht van de Moslims verhinderden echter niet een levendige en expansieve overdracht van handel en technologie tussen de twee beschavingen of tussen hen en het Byzantijnse Rijk. De commerciële en intellectuele uitwisselingen tussen islamitische landen en West-Europa waren aanzienlijk. Maritieme, agrarische en technologische innovaties van de Islam, evenals veel Oostaziatische technologie via de Islamitische wereld, vonden hun weg naar West-Europa in een van de grootste technologieoverdrachten in de wereldgeschiedenis. Wat de Europeanen niet uitvonden, leenden zij gemakkelijk en pasten zij aan voor hun eigen gebruik. Van de drie grote beschavingen van Westelijk Eurazië en Noord-Afrika was die van christelijk Europa het minst ontwikkeld in vrijwel alle aspecten van de materiële en intellectuele cultuur, ver achter de islamitische staten en Byzantium. Tegen het einde van de 13e eeuw begon het gelijk te komen, en tegen het einde van de 15e eeuw was het beide voorbijgestreefd. De late 15e-eeuwse ontdekkingsreizen waren niet iets nieuws, maar een ambitieuzere voortzetting van de Europese belangstelling voor verre delen van de wereld.