Fasta-bestand

Sequentiegegevens bevatten sequenties van residuen zonder structurele gegevens. De afleiding en nauwkeurigheid van dergelijke bestanden is onderwerp van onderzoek, maar de formaten neigen ertoe eenvoudig te zijn.

*.fasta

Toepassingsdoel

Gegevens over sequenties die worden gegenereerd door het FASTA-sequentie-uitlijningspakket.

Formaat

Het formaat van FASTA wordt hier beschreven

Voorbeeld

In dit voorbeeld is 2ptl_ de identificator (met de naam van de VOB). 1-120 beschrijft de reeks residuen die het bestand bevat. : Voorbeeld B.9. FASTA

>2ptl_ 1-120VTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFAAAAAVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEYTVDVADKGYTLNIKFA

Sommige toepassingen, waaronder stepwise en rna_denovo, nemen meerdere ketens als invoer, en staan toe dat keten en residuen worden gespecificeerd in tags zoals C:10-121 in de FASTA headers.

Zie ook

• Lijst van bestandstypen: Lijst van bestandstypen die in Rosetta gebruikt worden
• Rosetta Basics: De Rosetta Basics home page
• Opties overzicht: Overzicht van Rosetta command line opties
• Verklarende woordenlijst: Korte definities van Rosetta termen
• RosettaEncyclopedie: Gedetailleerde beschrijvingen van aanvullende concepten in Rosetta.
• Rosetta overzicht: Overzicht van de belangrijkste concepten in Rosetta
• Documentatie voor toepassingen: Links naar documentatie voor een verscheidenheid van Rosetta toepassingen