U kunt SMART in twee verschillende modes gebruiken: normaal of genomisch.Het belangrijkste verschil zit hem in de onderliggende eiwit database die gebruikt wordt. In Normale SMART bevat de database Swiss-Prot, SP-TrEMBL en stabiele Ensembl proteomen. In Genomic SMART worden alleen de genomen van volledig gesequencete genomen gebruikt; Ensembl voor metazoötische organismen en Swiss-Prot voor de rest. De volledige lijst van genomen in Genomic SMART is hier beschikbaar.
De eiwitdatabase in Normal SMART heeft een aanzienlijke redundantie, ook al worden identieke eiwitten verwijderd. Als u SMART gebruikt om domeinarchitecturen te onderzoeken, of als u exacte domeintellingen wilt vinden in verschillende genomen, overweeg dan om over te schakelen op Genomic mode. De getallen in de domein annotatie pagina’s zullen nauwkeuriger zijn, en er zullen niet veel eiwit fragmenten die corresponderen met hetzelfde gen in de architectuur query resultaten zitten. Denk er wel aan dat u een beperkte set genomen onderzoekt.
Er worden verschillende kleurenschema’s gebruikt om gemakkelijk aan te geven in welke modus u zich bevindt.
| Normale modus | Genomische modus |
 |
 |
Klik op de bovenstaande afbeeldingen om uw standaard modus te selecteren.
Informatie over uw geselecteerde modus wordt opgeslagen in een cookie van uw browser. Als u om wat voor reden dan ook geen cookies wilt/kunt gebruiken, opent u SMART via deze pagina.