Fysisk-grafisk set er Somalia et land med begrænsede kontraster. I nord er der en maritim halvtørkensslette parallelt med Adenbugtens kyst, som varierer i bredde fra ca. 12 km i vest til så lidt som 2 km i øst. Denne slette, der er dækket af krat og kendt som Guban (kratland), gennemskæres af brede, lavvandede vandløb, som er tørre sandbede, undtagen i regntiden. Når regnen kommer, fornyes vegetationen, som er en kombination af lave buske og græsklatter, hurtigt, og i en periode giver Guban en vis græsning til nomadernes husdyr. Denne kyststribe er en del af den etiopiske økoregion for xeriske græs- og buskmarker.
Indenlands fra golfkysten stiger sletten op til de stejle nordvendte klipper i det dissekerede højland. Disse danner de barske Karkaar-bjergkæder, der strækker sig fra den nordvestlige grænse til Etiopien mod øst til spidsen af Afrikas Horn, hvor de ender i stejle klipper ved Caseyr. Den generelle højde langs bjergkæden er i gennemsnit ca. 1 800 meter over havets overflade syd for havnebyen Berbera, og østpå fra dette område fortsætter den med en højde på 1 800 til 2 100 meter næsten til Caseyr. Landets højeste punkt, Shimber Berris, der er 2.460 meter højt, ligger nær byen Erigavo.
Sydpå falder bjergene ned, ofte i skarpe afsatser, til et højtliggende plateau uden flerårige floder. Dette område med brudte bjergterræner, lavvandede plateaudale og normalt tørre vandløb er kendt af somalierne som Ogo.
I Ogos særligt tørre østlige del falder plateauet, der er brudt af flere isolerede bjergkæder, gradvist ned mod Somalihavet og udgør i det centrale Somalia Mudug-sletten. Et vigtigt træk ved denne østlige del er den lange og brede Nugaal-dal med sit omfattende netværk af sæsonbestemte vandløb med afbrydelser. Nugaal-floden løber ud i Det Somaliske Hav ved Eyl. Befolkningen i det østlige område består hovedsagelig af græsningsnomader, der forsøger at tjene til livets ophold i et område med ringe og uregelmæssig nedbør.
Den vestlige del af Ogo-plateauområdet er gennemskåret af talrige lavvandede dale og tørre vandløb. Den årlige nedbørsmængde er større end i øst, og der er flade områder med agerjord, som er hjemsted for dyrkere på tørre arealer. Det vigtigste er, at der i det vestlige område findes permanente brønde, som den overvejende nomadiske befolkning vender tilbage til i tørkeperioderne. Det vestlige plateau skråner svagt mod syd og går umærkeligt over i et område, der er kendt som Haud, et bredt, bølget terræn, der udgør nogle af de bedste græsningsarealer for somaliske nomader, på trods af manglen på nævneværdig nedbør mere end halvdelen af året. Haud-området har en større værdi på grund af de naturlige lavninger, der i perioder med regn bliver til midlertidige søer og damme.
Haud-området fortsætter mere end 60 km ind i Etiopien, og det store somaliske plateau, der ligger mellem de nordlige somaliske bjerge og højlandet i det sydøstlige Etiopien, strækker sig syd og østpå gennem Etiopien ind i det centrale og sydvestlige Somalia. Den del af Haud-området, der ligger i Etiopien, var genstand for en aftale, der blev indgået under kolonitiden. I 1948 “returnerede” briterne under pres fra deres allierede under Anden Verdenskrig og til somaliernes forfærdelse Haud (et vigtigt somalisk græsningsområde, som formentlig var “beskyttet” af britiske traktater med somalierne i 1884 og 1886) og Ogaden til Etiopien på grundlag af en traktat fra 1897, hvori briterne afstod somalisk territorium til den etiopiske kejser Menelik til gengæld for hans hjælp mod somaliske klaners plyndringer. Storbritannien inkluderede et forbehold om, at de somaliske nomader skulle bevare deres autonomi, men Etiopien gjorde straks krav på suverænitet over dem. Dette gav anledning til, at Storbritannien i 1956 uden held forsøgte at købe de somaliske områder, som landet havde overdraget, tilbage. Denne strækning har siden da været en betydelig kilde til regionale stridigheder.
Den sydvestlige del af Somalia er domineret af landets eneste to permanente floder, Jubba og Shabeelle. Disse floder, der har deres udspring i det etiopiske højland, løber generelt i sydlig retning og skærer brede dale i den somaliske højslette, mens den falder ned mod havet; højslettens højde falder hurtigt i dette område. Den tilstødende kystzone, som omfatter flodernes nedre løb og strækker sig fra Mudug-sletten til den kenyanske grænse, ligger i gennemsnit 180 meter over havets overflade.
Jubba-floden løber ud i det somaliske hav ved Kismaayo. Selv om Shabeelle-floden på et tidspunkt tilsyneladende også nåede havet nær Merca, men dens løb menes at have ændret sig i forhistorisk tid. Shabeelle-floden drejer nu mod sydvest nær Balcad (ca. 30 km nord for Mogadishu) og løber parallelt med kysten i mere end 85 km. Floden er kun flerårig indtil et punkt sydvest for Mogadishu; herefter består den af sumpede områder og tørre strækninger og forsvinder til sidst i sandet øst for Jilib, ikke langt fra Jubba-floden. I oversvømmelsesperioderne kan Shabeelle-floden fylde sit leje til et punkt nær Jilib og kan lejlighedsvis endda bryde igennem til Jubba-floden længere mod syd. Gunstige nedbørs- og jordbundsforhold gør hele flodregionen til et frugtbart landbrugsområde og centrum for landets største sedentære befolkning.
I det meste af det nordlige, nordøstlige og nordcentrale Somalia, hvor nedbørsmængden er lav, består vegetationen af spredte lave træer, herunder forskellige akacier, og vidt spredte pletter af græs. Denne vegetation giver plads til en kombination af lave buske og græsklatter i de meget tørre områder i det nordøstlige område og langs Adenbugten.
Da højderne og nedbøren øges i de maritime bjergkæder i nord, bliver vegetationen tættere. Aloe er almindelig, og på de højere beliggende plateauområder i Ogo er der skovområder. Nogle få steder over 1 500 meter findes resterne af enebærskove (beskyttet af staten) og områder med Euphorbia candelabrum (en tornplante af lysekronetypen). I det mere tørre højland i det nordøstlige område er Boswellia- og Commiphora-træer kilder til henholdsvis røgelse og myrra, som Somalia har været kendt for siden oldtiden.
Et bredt plateau, der omfatter den nordlige by Hargeysa, som modtager forholdsvis kraftig nedbør, er naturligt dækket af skov (hvoraf en stor del er blevet nedbrudt af overgræsning) og nogle steder af omfattende græsarealer. Dele af dette område har været dyrket siden 1930’erne, hvor der produceres sorghum og majs; i 1990’erne udgjorde det det eneste betydelige område med sedentær dyrkning uden for det sydvestlige Somalia.
Haud syd for Hargeysa er for det meste dækket af en halvtør skov med spredte træer, hovedsagelig akacier, underlagt græs, der omfatter arter, der er særligt begunstiget af husdyr som foder. Vegetationen danner rumligt periodiske mønstre, der minder om en tigerhud set oppefra og er derfor kendt som “tigerbusk”. Efterhånden som Haud-området går over i Mudug-sletten i det centrale Somalia, bliver det mere tørt, og vegetationen får karakter af en sub-ørken. Længere mod syd ændrer terrænet sig gradvist til halvtørre skov- og græsarealer, efterhånden som den årlige nedbørsmængde øges.
Regionen omkring floderne Shabeelle og Jubba er relativt velvandet og udgør landets mest dyrkbare område. Lavlandet mellem floderne er et rigt græsningsområde. Her findes tørre til subaride savanneområder, åbne skovområder og krat, der ofte omfatter rigelige mængder af underliggende græsser. Der er områder med græsarealer, og langt mod sydvest, nær den kenyanske grænse, findes der nogle tørre stedsegrønne skove.
Langs det somaliske hav fra Hobyo mod sydvest til nær Mogadishu ligger en strækning af tørre kystnære sandklitter, Hobyo græs- og buskmarkernes økoregion. Dette område er dækket af spredt krat og græsklatter, hvor nedbøren er tilstrækkelig, men uforudsigelig. En stor del af denne kyst er tyndt befolket, men overgræsning, især syd for Mogadishu, har resulteret i ødelæggelse af det beskyttende vegetationsdække og gradvis flytning af de engang stationære klitter ind i landet. Den oprindelige flora på denne kyst indeholder en række endemiske arter, og fra begyndelsen af 1970’erne blev der gjort en indsats for at stabilisere klitterne ved at genbeplante dem. Endemiske pattedyr er sølv dik-dik-dik (Madoqua piacentinii), som er en af verdens mindste antiloper, og den somaliske guldmåler (Calcochloris tytonis). Andre endemiske arter omfatter to krybdyr, en skink Haackgreerius miopus og et firben Latastia cherchii samt to fugle, Ash’s lærke (Mirafra ashi) og Obbia-lærken (Spizocorys obbiensis). De langvarige politiske stridigheder i Somalia har betydet, at kysten er dårligt undersøgt, og at levestedets tilstand er ukendt.
Den øvrige vegetation omfatter planter og græsser, der findes i de sumpe, som Shabeelle-floden løber ud i det meste af året, og i andre store sumpe i den nedre del af Jubba-flodens løb. Der findes sumpområder med østafrikanske mangroveskove på visse steder langs kysten, især fra Kismaayo til tæt på den kenyanske grænse. Ukontrolleret udnyttelse synes at have forårsaget en vis skade på skovene i dette område. Andre mangrover findes nær Mogadishu og en række steder langs de nordøstlige og nordlige kyster.