Fysikaliskt sett är Somalia ett land med begränsade kontraster. I norr finns en maritim halvöken-slätt parallellt med Adenvikens kust, som varierar i bredd från ungefär tolv kilometer i väster till så lite som två kilometer i öster. Denna slätt, som är täckt av buskar och kallas Guban (buskland), genomkorsas av breda, grunda vattendrag som utgörs av torr sandbäddar utom under regnperioderna. När regnet kommer förnyas vegetationen, som är en kombination av låga buskar och gräsklungor, snabbt, och under en tid ger guban en del betesmark åt nomadernas boskap. Denna kustremsa är en del av den etiopiska ekoregionen för xeriska gräsmarker och buskmarker.
Inland från gulfkusten stiger slätten upp till de branta nordvända klipporna i det dissekerade höglandet. Dessa bildar de karelska bergskedjorna som sträcker sig från den nordvästra gränsen mot Etiopien österut till spetsen av Afrikas horn, där de slutar i branta klippor vid Caseyr. Den allmänna höjden längs bergskammen är i genomsnitt cirka 1 800 meter över havet söder om hamnstaden Berbera, och österut från det området fortsätter den på 1 800 till 2 100 meter nästan till Caseyr. Landets högsta punkt, Shimber Berris, som är 2 460 meter, ligger nära staden Erigavo.
Söderut sjunker bergen ner, ofta i skarpskurna avsatser, till en upphöjd platå utan fleråriga floder. Denna region med bruten bergsterräng, grunda platådalar och vanligtvis torra vattendrag är känd för somalierna som Ogo.
I Ogos särskilt torra östra del, sluttar platån – som bryts av flera isolerade bergskedjor – gradvis mot Somaliska havet och utgör i centrala Somalia Mudug-slätten. Ett viktigt inslag i denna östra del är den långa och breda Nugaal-dalen, med sitt omfattande nätverk av intermittenta säsongsbundna vattendrag. Nugaal-floden mynnar ut i Somaliska havet vid Eyl. Befolkningen i det östra området består huvudsakligen av nomader som lever på betesdrift i ett område med låga och oregelbundna regnmängder.
Den västra delen av Ogo-platån genomkorsas av många grunda dalar och torra vattendrag. Den årliga nederbörden är större än i öster, och det finns plana områden med åkermark som utgör ett hem för torrmarksodlare. Viktigast av allt är att det i det västra området finns permanenta brunnar dit den övervägande nomadiska befolkningen återvänder under torrperioderna. Den västra platån sluttar svagt söderut och övergår omärkligt i ett område som kallas Haud, en bred, böljande terräng som utgör några av de bästa betesmarkerna för somaliska nomader, trots bristen på märkbar nederbörd mer än halva året. Hauds värde ökas av de naturliga sänkor som under regnperioder blir tillfälliga sjöar och dammar.
Hud-zonen fortsätter mer än 60 kilometer in i Etiopien, och den vidsträckta somaliska högplatån, som ligger mellan de nordliga somaliska bergen och högländerna i sydöstra Etiopien, sträcker sig söderut och österut genom Etiopien in i centrala och sydvästra Somalia. Den del av Haud som ligger inom Etiopien var föremål för ett avtal som slöts under kolonialtiden. Under påtryckningar från sina allierade under andra världskriget och till somaliernas bestörtning ”återlämnade” britterna 1948 Haud (ett viktigt somaliskt betesområde som förmodligen ”skyddades” genom brittiska fördrag med somalierna 1884 och 1886) och Ogaden till Etiopien, på grundval av ett fördrag från 1897 där britterna avstod somaliskt territorium till den etiopiske kejsaren Menelik i utbyte mot att han hjälpte till att förhindra somaliska klaners plundring. Storbritannien inkluderade villkoret att de somaliska nomaderna skulle behålla sitt självstyre, men Etiopien gjorde omedelbart anspråk på suveränitet över dem. Detta ledde till att Storbritannien 1956 utan framgång försökte köpa tillbaka de somaliska områden som landet hade överlåtit. Landsträckan har sedan dess varit en betydande källa till regionala stridigheter.
Sydvästra Somalia domineras av landets enda två permanenta floder, Jubba och Shabeelle. Dessa floder, som har sina källor i det etiopiska höglandet, flyter i en generellt sett sydlig riktning och skär breda dalar i den somaliska högplatån när den sjunker ner mot havet; högplatåns höjd sjunker snabbt i detta område. Den intilliggande kustzonen, som omfattar flodernas nedre lopp och sträcker sig från Mudug-slätten till den kenyanska gränsen, ligger i genomsnitt 180 meter över havet.
Jubba-floden mynnar ut i Somaliska havet vid Kismaayo. Även om Shabeelle-floden en gång i tiden tydligen också nådde havet nära Merca, tros dess lopp ha ändrats under förhistorisk tid. Shabeelle svänger nu av i sydvästlig riktning nära Balcad (cirka trettio kilometer norr om Mogadishu) och följer kusten i mer än åttiofem kilometer. Därefter består den av sumpiga områden och torra sträckor och försvinner slutligen i sanden öster om Jilib, inte långt från Jubba-floden. Under översvämningsperioderna kan Shabeelle-floden fylla sin bädd till en punkt nära Jilib och ibland kan den till och med bryta igenom till Jubba-floden längre söderut. Gynnsamma regn- och markförhållanden gör hela flodregionen till ett bördigt jordbruksområde och centrum för landets största sedentära befolkning.
I större delen av norra, nordöstra och nordcentrala Somalia, där nederbörden är låg, består vegetationen av utspridda låga träd, bland annat olika akacior, och utspridda gräsfläckar. Denna vegetation övergår till en kombination av låga buskar och gräsklungor i de mycket torra områdena i nordost och längs Adenviken.
Med stigande höjd och ökad nederbörd i de maritima bergskedjorna i norr blir vegetationen tätare. Aloes är vanliga, och på Ogos högre platåområden finns skogsmarker. På några få platser över 1 500 meter finns rester av enbuskskogar (skyddade av staten) och områden med Euphorbia candelabrum (en taggig växt av ljuskrona-typ). På de mer torra högländerna i nordost är Boswellia- och Commiphora-träden källor respektive till den rökelse och myrra som Somalia har varit känt för sedan urminnes tider.
En bred platå som omfattar den norra staden Hargeysa, som får förhållandevis mycket nederbörd, är naturligt täckt av skogsmark (av vilken en stor del har försämrats av överbetning) och på vissa ställen av vidsträckta gräsmarker. Delar av detta område har odlats sedan 1930-talet, med produktion av sorghum och majs; på 1990-talet utgjorde det den enda betydande regionen med sedentär odling utanför sydvästra Somalia.
Hud söder om Hargeysa täcks mestadels av en halvtorr skogsmark med spridda träd, huvudsakligen akacior, som underlagras av gräs, bland annat arter som är särskilt populära som foder för boskap. Vegetationen bildar rumsligt periodiska mönster som påminner om ett tigerskinn sett uppifrån och kallas därför ”tigerbush”. När Haud övergår i Mudug-slätten i centrala Somalia ökar torrheten och vegetationen får en ökenkaraktär. Längre söderut förändras terrängen gradvis till halvtorra skogsmarker och gräsmarker i takt med att den årliga nederbörden ökar.
Regionen kring floderna Shabeelle och Jubba är relativt välbevattnad och utgör landets mest odlingsbara område. Låglandet mellan floderna ger upphov till rika betesmarker. Här finns torra till subarida savannområden, öppna skogsmarker och buskage som ofta innehåller rikligt med underliggande gräs. Det finns områden med gräsmark, och längst i sydväst, nära den kenyanska gränsen, finns några torra vintergröna skogar.
Längs Somaliska havet från Hobyo sydvästut till nära Mogadishu ligger en sträcka med torra sanddyner vid kusten, Hobyos gräsmarker och buskmarker som är ekoregion. Detta område är täckt av spridda buskar och gräsdungar där nederbörden är tillräcklig men oförutsägbar. En stor del av denna kust är glest befolkad, men överbetning, särskilt söder om Mogadishu, har lett till att det skyddande vegetationstäcket har förstörts och att de en gång stationära sanddynerna successivt har flyttats inåt landet. Kustens ursprungliga flora innehåller ett antal endemiska arter och från början av 1970-talet gjordes ansträngningar för att stabilisera dessa sanddyner genom återplantering. Endemiska däggdjur är silverdikdiken (Madoqua piacentinii), en av världens minsta antiloper, och den somaliska gyllene mullvaden (Calcochloris tytonis). Andra endemiska arter är två reptiler, en skink Haackgreerius miopus och en ödla Latastia cherchii, samt två fåglar, Ashs lärkfalk (Mirafra ashi) och Obbia-lärkfalk (Spizocorys obbiensis). De långvariga politiska stridigheterna i Somalia har inneburit att kusten är dåligt undersökt och att livsmiljöns tillstånd är okänt.
Annan vegetation omfattar växter och gräs som finns i de träsk i vilka Shabeelle-floden rinner ut större delen av året och i andra stora träsk i nedre delen av Jubba-flodens lopp. Sumpmarker med östafrikansk mangrove finns på vissa ställen längs kusten, särskilt från Kismaayo till nära den kenyanska gränsen. Okontrollerad exploatering verkar ha orsakat vissa skador på skogarna i det området. Andra mangrover finns nära Mogadishu och på ett antal platser längs den nordöstra och norra kusten.