Physio-graphiquement, la Somalie est une terre au contraste limité. Au nord, une plaine semi-désertique maritime est parallèle à la côte du golfe d’Aden, variant en largeur d’environ douze kilomètres à l’ouest à seulement deux kilomètres à l’est. Recouverte de broussailles, cette plaine, appelée Guban (terre de broussailles), est traversée par des cours d’eau larges et peu profonds qui sont des lits de sable sec, sauf pendant les saisons des pluies. Lorsque les pluies arrivent, la végétation, composée de buissons bas et de touffes d’herbe, se renouvelle rapidement et le guban offre pendant un temps quelques pâturages au bétail nomade. Cette bande côtière fait partie de l’écorégion des prairies et arbustes xériques éthiopiens.
À l’intérieur des terres, à partir de la côte du golfe, la plaine s’élève jusqu’aux falaises abruptes orientées vers le nord des hautes terres disséquées. Celles-ci forment les chaînes de montagnes accidentées de Karkaar qui s’étendent de la frontière nord-ouest avec l’Éthiopie vers l’est jusqu’à la pointe de la Corne de l’Afrique, où elles se terminent en falaises abruptes à Caseyr. L’altitude générale le long de la crête de ces montagnes est d’environ 1 800 mètres au-dessus du niveau de la mer au sud de la ville portuaire de Berbera, et vers l’est à partir de cette zone, elle se poursuit entre 1 800 et 2 100 mètres presque jusqu’au Caseyr. Le point culminant du pays, Shimber Berris, qui s’élève à 2 460 mètres, est situé près de la ville d’Erigavo.
Vers le sud, les montagnes descendent, souvent en corniches escarpées, vers un plateau élevé dépourvu de rivières pérennes. Cette région de terrains montagneux brisés, de vallées de plateau peu profondes et de cours d’eau généralement secs est connue des Somaliens sous le nom d’Ogo.
Dans la partie orientale particulièrement aride de l’Ogo, le plateau – brisé par plusieurs chaînes de montagnes isolées – s’incline progressivement vers la mer de Somalie et constitue dans le centre de la Somalie la plaine de Mudug. Une caractéristique majeure de cette partie orientale est la longue et large vallée du Nugaal, avec son vaste réseau de cours d’eau saisonniers intermittents. Le fleuve Nugaal se jette dans la mer de Somalie à Eyl. La population de la zone orientale se compose principalement de nomades pastoraux qui gagnent leur vie dans une zone où les précipitations sont faibles et irrégulières.
La partie occidentale de la région du plateau d’Ogo est traversée par de nombreuses vallées peu profondes et des cours d’eau secs. Les précipitations annuelles sont plus importantes qu’à l’est, et on y trouve des zones plates de terres arables qui abritent des cultivateurs de terres sèches. Plus important encore, la région occidentale dispose de puits permanents auxquels la population, essentiellement nomade, retourne pendant les saisons sèches. Le plateau occidental descend en pente douce vers le sud et se fond imperceptiblement dans une zone connue sous le nom de Haud, un terrain large et ondulé qui constitue l’un des meilleurs pâturages pour les nomades somaliens, malgré l’absence de précipitations appréciables plus de la moitié de l’année. La valeur du Haud est renforcée par les dépressions naturelles qui, pendant les périodes de pluie, deviennent des lacs et des étangs temporaires.
La zone du Haud se poursuit sur plus de soixante kilomètres en Éthiopie, et le vaste plateau somalien, qui se trouve entre les montagnes du nord de la Somalie et les hauts plateaux du sud-est de l’Éthiopie, s’étend vers le sud et l’est à travers l’Éthiopie jusqu’au centre et au sud-ouest de la Somalie. La partie des Hauds située en Éthiopie a fait l’objet d’un accord conclu à l’époque coloniale. En 1948, sous la pression de leurs alliés de la Seconde Guerre mondiale et à la consternation des Somaliens, les Britanniques ont « rendu » le Haud (une importante zone de pâturage somalienne qui était vraisemblablement « protégée » par les traités conclus par les Britanniques avec les Somaliens en 1884 et 1886) et l’Ogaden à l’Éthiopie, sur la base d’un traité de 1897 dans lequel les Britanniques cédaient le territoire somalien à l’empereur éthiopien Menelik en échange de son aide contre le pillage par les clans somaliens. La Grande-Bretagne avait inclus la condition que les nomades somaliens conservent leur autonomie, mais l’Éthiopie a immédiatement revendiqué sa souveraineté sur eux. En 1956, la Grande-Bretagne a donc tenté en vain de racheter les terres somaliennes qu’elle avait cédées. Cette étendue de terre a depuis été une source considérable de conflits régionaux.
Le sud-ouest de la Somalie est dominé par les deux seuls fleuves permanents du pays, le Jubba et le Shabeelle. Prenant leur source dans les hauts plateaux éthiopiens, ces fleuves coulent généralement vers le sud, creusant de larges vallées dans le plateau somalien qui descend vers la mer ; l’altitude du plateau diminue rapidement dans cette zone. La zone côtière adjacente, qui comprend les cours inférieurs des fleuves et s’étend de la plaine de Mudug à la frontière kényane, se situe en moyenne à 180 mètres au-dessus du niveau de la mer.
Le fleuve Jubba entre dans la mer de Somalie à Kismaayo. Bien qu’à une époque, la rivière Shabeelle ait apparemment aussi atteint la mer près de Merca, on pense que son cours a changé à l’époque préhistorique. Le Shabeelle tourne maintenant vers le sud-ouest près de Balcad (environ trente kilomètres au nord de Mogadiscio) et longe la côte sur plus de quatre-vingt-cinq kilomètres. Le fleuve n’est pérenne que jusqu’à un point situé au sud-ouest de Mogadiscio ; ensuite, il se compose de zones marécageuses et de tronçons secs et se perd finalement dans le sable à l’est de Jilib, non loin de la rivière Jubba. Pendant les saisons de crue, la rivière Shabeelle peut remplir son lit jusqu’à un point proche de Jilib et parfois même déborder vers la rivière Jubba plus au sud. Des précipitations et des conditions de sol favorables font de toute la région fluviale une zone agricole fertile et le centre de la plus grande population sédentaire du pays.
Dans la majeure partie du nord, du nord-est et du centre-nord de la Somalie, où les précipitations sont faibles, la végétation se compose d’arbres bas épars, dont divers acacias, et de plaques d’herbe largement dispersées. Cette végétation fait place à une combinaison de buissons bas et de touffes d’herbe dans les zones très arides du nord-est et le long du golfe d’Aden.
A mesure que l’altitude et les précipitations augmentent dans les chaînes maritimes du nord, la végétation devient plus dense. Les aloès sont communs, et sur les zones de plateaux plus élevés de l’Ogo, on trouve des forêts. À quelques endroits au-dessus de 1 500 mètres, on trouve des vestiges de forêts de genévriers (protégées par l’État) et des zones d’Euphorbia candelabrum (une plante épineuse de type chandelier). Dans les hautes terres plus arides du nord-est, les arbres Boswellia et Commiphora sont les sources, respectivement, de l’encens et de la myrrhe pour lesquels la Somalie est connue depuis les temps anciens.
Un large plateau englobant le nord de la ville d’Hargeysa, qui reçoit des pluies relativement abondantes, est couvert naturellement de bois (dont une grande partie a été dégradée par le surpâturage) et par endroits de vastes prairies. Certaines parties de cette zone sont cultivées depuis les années 1930, produisant du sorgho et du maïs ; dans les années 1990, elle constituait la seule région significative de culture sédentaire en dehors du sud-ouest de la Somalie.
Le Haud au sud d’Hargeysa est couvert en grande partie par une forêt semi-aride d’arbres épars, principalement des acacias, sous-tendue par des graminées qui comprennent des espèces particulièrement appréciées par le bétail comme fourrage. Cette végétation forme des motifs périodiques dans l’espace qui rappellent la peau d’un tigre vue d’en haut, d’où son nom de « brousse tigrée ». Lorsque la région de Haud se fond dans la plaine de Mudug, au centre de la Somalie, l’aridité augmente et la végétation prend un caractère subdésertique. Plus loin vers le sud, le terrain se transforme progressivement en forêts et en prairies semi-arides à mesure que les précipitations annuelles augmentent.
La région englobant les rivières Shabeelle et Jubba est relativement bien arrosée et constitue la zone la plus arable du pays. Les basses terres entre les rivières abritent de riches pâturages. On y trouve des savanes arides à subarides, des forêts ouvertes et des fourrés où les herbes sous-jacentes sont souvent abondantes. Il y a des zones de prairies, et dans l’extrême sud-ouest, près de la frontière kényane, on trouve quelques forêts sèches à feuilles persistantes.
Le long de la mer de Somalie, de Hobyo vers le sud-ouest jusqu’aux environs de Mogadiscio, se trouve une étendue de dunes de sable côtières sèches, l’écorégion des prairies et des arbustes de Hobyo. Cette zone est couverte de broussailles et de touffes d’herbes éparses où les précipitations sont suffisantes mais imprévisibles. Une grande partie de cette côte est faiblement peuplée mais le surpâturage, en particulier au sud de Mogadiscio, a entraîné la destruction de la couverture végétale protectrice et le déplacement progressif des dunes autrefois stationnaires vers l’intérieur des terres. La flore originale de cette côte contient un certain nombre d’espèces endémiques et, à partir du début des années 1970, des efforts ont été faits pour stabiliser ces dunes en les replantant. Les mammifères endémiques sont le dik-dik argenté (Madoqua piacentinii), l’une des plus petites antilopes du monde, et la taupe dorée de Somalie (Calcochloris tytonis). Les autres espèces endémiques comprennent deux reptiles, un scinque Haackgreerius miopus et un lézard Latastia cherchii, ainsi que deux oiseaux, l’alouette des cendres (Mirafra ashi) et l’alouette d’Obbia (Spizocorys obbiensis). Les troubles politiques de longue durée en Somalie font que la côte est peu étudiée et que l’état de l’habitat est inconnu.
Les autres végétaux comprennent des plantes et des herbes que l’on trouve dans les marécages dans lesquels la rivière Shabeelle se déverse la plupart de l’année et dans d’autres grands marécages situés sur le cours inférieur de la rivière Jubba. On trouve des marécages de mangroves d’Afrique de l’Est à certains endroits de la côte, en particulier de Kismaayo à la frontière kenyane. Une exploitation incontrôlée semble avoir causé quelques dommages aux forêts de cette zone. D’autres mangroves sont situées près de Mogadiscio et à un certain nombre d’endroits le long des côtes nord-est et nord.