Fiziografic, Somalia este un teritoriu cu un contrast limitat. În nord, o câmpie maritimă semidesertică este paralelă cu coasta Golfului Aden, variind în lățime de la aproximativ doisprezece kilometri în vest până la doar doi kilometri în est. Acoperită de tufișuri, această câmpie, cunoscută sub numele de Guban (pământ de tufișuri), este traversată de cursuri de apă largi și puțin adânci, care sunt paturi de nisip uscat, cu excepția anotimpurilor ploioase. Când sosesc ploile, vegetația, care este o combinație de tufișuri joase și smocuri de iarbă, se reînnoiește rapid și, pentru o vreme, guban-ul oferă pășuni pentru animalele nomade. Această fâșie de coastă face parte din ecoregiunea etiopiană de pajiști și tufărișuri xerice.
În interiorul coastei golfului, câmpia se ridică până la stâncile abrupte orientate spre nord ale înălțimilor disecate. Acestea formează lanțurile muntoase accidentate Karkaar, care se întind de la granița de nord-vest cu Etiopia spre est până la vârful Cornului Africii, unde se termină în stânci abrupte la Caseyr. Înălțimea generală de-a lungul crestei acestor munți este în medie de aproximativ 1.800 de metri deasupra nivelului mării la sud de orașul-port Berbera, iar spre est, din această zonă, continuă la 1.800-2.100 de metri aproape până la Caseyr. Cel mai înalt punct al țării, Shimber Berris, care se ridică la 2.460 de metri, este situat în apropierea orașului Erigavo.
În sud, munții coboară, adesea în cornișe cicatrizate, până la un platou înălțat lipsit de râuri perene. Această regiune de teren muntoasă frântă, văi de platou puțin adânci și cursuri de apă de obicei uscate este cunoscută somalezilor sub numele de Ogo.
În partea estică deosebit de aridă a Ogo, platoul – rupt de mai multe lanțuri muntoase izolate – coboară treptat spre Marea Somaliei, iar în centrul Somaliei constituie Câmpia Mudug. O caracteristică majoră a acestei secțiuni estice este valea Nugaal, lungă și largă, cu rețeaua sa extinsă de cursuri de apă sezoniere intermitente. Râul Nugaal intră în Marea Somaliei la Eyl. Populația din zona estică este formată în principal din nomazi păstori care se străduiesc să trăiască într-o zonă cu precipitații slabe și neregulate.
Partea vestică a regiunii platoului Ogo este traversată de numeroase văi puțin adânci și cursuri de apă uscate. Precipitațiile anuale sunt mai mari decât în est și există zone plate de teren arabil care oferă un cămin pentru cultivatorii de teren uscat. Cel mai important, zona de vest are fântâni permanente la care populația predominant nomadă se întoarce în timpul anotimpurilor secetoase. Platoul vestic coboară ușor spre sud și se unește imperceptibil într-o zonă cunoscută sub numele de Haud, un teren larg și ondulat care constituie unele dintre cele mai bune pășuni pentru nomazii somalezi, în ciuda lipsei de precipitații apreciabile mai mult de jumătate din an. Ceea ce sporește valoarea Haud-ului sunt depresiunile naturale care, în timpul perioadelor de ploaie, se transformă în lacuri și iazuri temporare.
Zona Haud se continuă pe o distanță de peste șaizeci de kilometri în Etiopia, iar vastul platou somalez, care se află între munții somalezi din nord și înălțimile din sud-estul Etiopiei, se extinde spre sud și spre est prin Etiopia în centrul și sud-vestul Somaliei. Porțiunea din Haud care se află în Etiopia a făcut obiectul unui acord încheiat în timpul epocii coloniale. În 1948, sub presiunea aliaților lor din Al Doilea Război Mondial și spre disperarea somalezilor, britanicii au „returnat” Haud-ul (o importantă zonă de pășunat somaleză care a fost probabil „protejată” prin tratatele britanice încheiate cu somalezii în 1884 și 1886) și Ogaden-ul Etiopiei, pe baza unui tratat din 1897 prin care britanicii cedau teritoriul somalez împăratului etiopian Menelik în schimbul ajutorului acestuia împotriva jafurilor comise de clanurile somaleze. Marea Britanie a inclus condiția ca nomazii somalezi să își păstreze autonomia, dar Etiopia a revendicat imediat suveranitatea asupra lor. Acest lucru a determinat o încercare nereușită a Marii Britanii, în 1956, de a răscumpăra pământurile somaleze pe care le cedase. De atunci, această întindere de pământ a fost o sursă considerabilă de conflicte regionale.
Sud-vestul Somaliei este dominat de singurele două râuri permanente ale țării, Jubba și Shabeelle. Având izvoarele în înălțimile etiopiene, aceste râuri curg în general în direcția sud, tăind văi largi în platoul somalez pe măsură ce coboară spre mare; înălțimea platoului scade rapid în această zonă. Zona de coastă adiacentă, care include cursurile inferioare ale râurilor și se întinde de la Câmpia Mudug până la granița cu Kenya, are o altitudine medie de 180 de metri deasupra nivelului mării.
Râul Jubba intră în Marea Somaliei la Kismaayo. Deși se pare că, la un moment dat, râul Shabeelle ajungea și el în mare lângă Merca, se crede că cursul său s-a schimbat în preistorie. În prezent, Shabeelle virează spre sud-vest lângă Balcad (la aproximativ treizeci de kilometri nord de Mogadiscio) și este paralel cu coasta pe o distanță de peste optzeci și cinci de kilometri. Râul este peren doar până la un punct la sud-vest de Mogadishu; după aceea, este format din zone mlăștinoase și porțiuni uscate și se pierde în cele din urmă în nisip la est de Jilib, nu departe de râul Jubba. În timpul anotimpurilor de inundații, râul Shabeelle își poate umple albia până la un punct de lângă Jilib și, ocazional, poate chiar să pătrundă în râul Jubba, mai la sud. Precipitațiile favorabile și condițiile de sol fac din întreaga regiune riverană o zonă agricolă fertilă și centrul celei mai mari populații sedentare din țară.
În cea mai mare parte a nordului, nord-estului și nord-centrului Somaliei, unde precipitațiile sunt scăzute, vegetația constă în arbori joși și împrăștiați, inclusiv diverși acacias, și pete de iarbă foarte răspândite. Această vegetație face loc unei combinații de arbuști joși și smocuri de iarbă în zonele extrem de aride din nord-est și de-a lungul Golfului Aden.
Pe măsură ce altitudinile și precipitațiile cresc în lanțurile maritime din nord, vegetația devine mai densă. Aloii sunt comuni, iar în zonele mai înalte ale platoului Ogo sunt păduri. În câteva locuri, la peste 1.500 de metri, apar resturi de păduri de ienupăr (protejate de stat) și zone de Euphorbia candelabrum (o plantă spinoasă de tip candelabru). În zonele înalte mai aride din nord-est, arborii Boswellia și Commiphora sunt sursele, respectiv, ale tămâiei și smirnei pentru care Somalia este cunoscută din cele mai vechi timpuri.
Un platou larg care cuprinde orașul nordic Hargeysa, care primește precipitații relativ abundente, este acoperit în mod natural de păduri (dintre care o mare parte au fost degradate de pășunatul excesiv) și, pe alocuri, de pășuni extinse. Părți din această zonă au fost cultivate încă din anii 1930, producând sorg și porumb; în anii 1990 constituia singura regiune semnificativă de cultivare sedentară din afara sud-vestului Somaliei.
Haud-ul de la sud de Hargeysa este acoperit în cea mai mare parte de o pădure semiaridă cu arbori împrăștiați, în principal acacias, acoperită de ierburi care includ specii favorizate în special de animale ca furaje. Vegetația de acolo formează modele periodice în spațiu care amintesc de o piele de tigru atunci când este privită de sus și de aceea este cunoscută sub numele de „tufișuri de tigru”. Pe măsură ce Haud se contopește cu Câmpia Mudug din centrul Somaliei, ariditatea crește, iar vegetația capătă un caracter subdezertic. Mai departe spre sud, terenul se transformă treptat în păduri semiaride și pajiști, pe măsură ce precipitațiile anuale cresc.
Regiunea care cuprinde râurile Shabeelle și Jubba este relativ bine irigată și constituie cea mai arabilă zonă a țării. Câmpia joasă dintre râuri susține pășuni bogate. Prezintă savană aridă până la subaridă, păduri deschise și tufișuri care includ ierburi subiacente frecvent abundente. Există zone de pajiști, iar în sud-vestul îndepărtat, în apropierea graniței cu Kenya, se găsesc unele păduri uscate și veșnic verzi.
În lungul Mării Somaliei, de la Hobyo spre sud-vest până aproape de Mogadishu, se află o întindere de dune de nisip de coastă uscate, ecoregiunea de pajiști și tufărișuri Hobyo. Această zonă este acoperită cu mărăcinișuri și tufe de iarbă împrăștiate, unde precipitațiile sunt suficiente, deși imprevizibile. O mare parte din această coastă este slab populată, dar pășunatul excesiv, în special la sud de Mogadishu, a dus la distrugerea stratului de vegetație protector și la deplasarea treptată a dunelor, cândva staționare, spre interior. Flora originală a acestei coaste conține o serie de specii endemice și, începând cu începutul anilor 1970, s-au făcut eforturi pentru a stabiliza aceste dune prin replantare. Mamiferele endemice sunt dik-dik argintiu (Madoqua piacentinii), una dintre cele mai mici antilope din lume, și cârtița aurie somaleză (Calcochloris tytonis). Alte specii endemice includ două reptile, un sconcs Haackgreerius miopus și o șopârlă Latastia cherchii și două păsări, ciocârlia lui Ash (Mirafra ashi) și ciocârlia Obbia (Spizocorys obbiensis). Luptele politice pe termen lung din Somalia au făcut ca această coastă să fie puțin studiată, iar starea habitatului să fie necunoscută.
Altă vegetație include plante și ierburi care se găsesc în mlaștinile în care râul Shabeelle se varsă în cea mai mare parte a anului și în alte mlaștini mari de pe cursul inferior al râului Jubba. Mlaștini de mangrove est-africane se găsesc în anumite puncte de-a lungul coastei, în special de la Kismaayo până aproape de granița cu Kenya. Exploatarea necontrolată pare să fi provocat unele daune pădurilor din acea zonă. Alte mangrove sunt localizate în apropiere de Mogadishu și într-o serie de locuri de-a lungul coastelor de nord-est și de nord.
.