Mendelistä tulee amonk. Hänen professorinsa suositteli Mendeliä Brunnin (nyk. Brno) augustinolaismunkille, jotka arvostivat tiedettä, tutkimusta ja koulutusta. Hänen professorinsa mielestä hän olisi hyvä ehdokas, koska hän oli lahjakas fysiikassa ja matematiikassa. Vaikka Mendel ei ollut suunnitellut ryhtyvänsä munkiksi, hänet otettiin sääntökuntaan 7. syyskuuta 1843.
Mendel pystyi sitten jatkamaan opintojaan Wienin yliopistossa, jossa hän löysi lahjakkuutensa opettamiseen, vaikka mielenkiintoista kyllä, hän ei kahdesti läpäissyt opettajantutkintoa. Hän oli hiljainen ja ujo; hän saattoi kokea kokeen suullisen osan liian hermoja raastavana. Hän oli kuin kotonaan luostarin kasvitieteellisessä puutarhassa, jossa hän vietti monta tuntia päivässä kasvattaen fukseja ja hernekasveja.