Fiziográfiai-földrajzi szempontból Szomália korlátozott kontrasztú ország. Északon egy tengeri félsivatagi síkság húzódik az Ádeni-öböl partjaival párhuzamosan, szélessége a nyugati nagyjából tizenkét kilométertől a keleti mindössze két kilométerig változik. A bozóttal borított, Guban (bozótos föld) néven ismert síkságot széles, sekély vízfolyások szelik át, amelyek az esős évszakok kivételével száraz homokmedrek. Amikor az esőzések megérkeznek, az alacsony bokrok és fűcsomók kombinációjából álló növényzet gyorsan megújul, és egy ideig a guban némi legelőt biztosít a nomád állatállomány számára. Ez a parti sáv az etiópiai xerikus füves és bozótos ökorégió része.
A guban partjától beljebb a síkság az északra néző, tagolt hegyvidék meredek szikláira emelkedik. Ezek alkotják a zord Karkaar hegyvonulatokat, amelyek az Etiópiával való északnyugati határtól kelet felé húzódnak az Afrika szarvának csúcsáig, ahol Caseyrnél meredek sziklákban végződnek. Az általános tengerszint feletti magasság e hegyek gerince mentén Berbera kikötővárostól délre átlagosan 1800 méter, és ettől a területtől keletre 1800-2100 méteres magasságban folytatódik majdnem Caseyrig. Az ország legmagasabb pontja, a 2460 méterre emelkedő Shimber Berris Erigavo város közelében található.
Dél felé a hegyek gyakran sziklaszirtek formájában ereszkednek le egy olyan fennsíkra, ahol nincsenek évelő folyók. Ezt az áttört hegyvidéki terepből, sekély fennsík-völgyekből és általában száraz vízfolyásokból álló régiót a szomáliaiak Ogo néven ismerik.
Az Ogo különösen száraz keleti részén a fennsík – amelyet több elszigetelt hegyvonulat szakít meg – fokozatosan lejt a Szomáliai-tenger felé, és Szomália középső részén a Mudug-síkságot alkotja. E keleti rész fő jellemzője a hosszú és széles Nugaal-völgy, amely időszakos, szezonális vízfolyások kiterjedt hálózatával rendelkezik. A Nugaal folyó Eylnél torkollik a Szomáli-tengerbe. A keleti terület lakossága főként pásztornomádókból áll, akik a kevés és szeszélyes csapadékkal sújtott övezetben élnek.
Az Ogo-fennsík nyugati részét számos sekély völgy és száraz vízfolyás szeli át. Az éves csapadékmennyiség nagyobb, mint keleten, és sík, szántóföldekkel borított területek adnak otthont a szárazföldi földművelőknek. A legfontosabb, hogy a nyugati terület állandó kutakkal rendelkezik, amelyekhez a túlnyomórészt nomád népesség a száraz évszakokban visszatér. A nyugati fennsík enyhén lejt dél felé, és észrevétlenül beleolvad a Haud néven ismert területbe, amely széles, hullámos domborzatú, és a szomáliai nomádok számára az egyik legjobb legelőt jelenti, annak ellenére, hogy az év több mint felében nem esik számottevő csapadék. A Haud értékét növelik a természetes mélyedések, amelyek esőzések idején ideiglenes tavakká és tavacskákká válnak.
A Haud-övezet több mint hatvan kilométer hosszan folytatódik Etiópiában, és a hatalmas Szomáliai-fennsík, amely az észak-szomáliai hegyek és a délkelet-eti Etiópia felföldjei között fekszik, Etiópián keresztül délre és keletre, Közép- és Délnyugat-Szomáliába nyúlik. A Haud Etiópián belüli része a gyarmati korszakban kötött megállapodás tárgyát képezte. A második világháborús szövetségeseik nyomására és a szomáliaiak megdöbbenésére a britek 1948-ban “visszaadták” Etiópiának a Haudot (fontos szomáliai legelőterület, amelyet feltehetően a szomáliaiakkal 1884-ben és 1886-ban kötött brit szerződések “védtek”) és az Ogadent egy 1897-es szerződés alapján, amelyben a britek szomáliai területeket engedtek át Menelik etióp császárnak, cserébe a szomáliai klánok fosztogatásai elleni segítségéért. Nagy-Britannia kikötötte, hogy a szomáliai nomádok megtartják autonómiájukat, de Etiópia azonnal szuverenitást követelt felettük. Ez arra késztette Nagy-Britanniát, hogy 1956-ban sikertelenül próbálta visszavásárolni az átadott szomáliai területeket. Ez a földterület azóta is jelentős regionális viszályok forrása.
Szomália délnyugati részét az ország egyetlen két állandó folyója, a Jubba és a Shabeelle uralja. E folyók az etiópiai felföldön erednek, és általában déli irányban folynak, széles völgyeket vágva a Szomáliai-fennsíkon, ahogy az a tenger felé ereszkedik; a fennsík magassága ezen a területen gyorsan csökken. A szomszédos tengerparti övezet, amely a folyók alsó folyását foglalja magában, és a Mudug-síkságtól a kenyai határig terjed, átlagosan 180 méterrel van a tengerszint felett.
A Jubba folyó Kismaayónál torkollik a Szomáliai-tengerbe. Bár a Shabeelle folyó egykoron nyilvánvalóan szintén a tengerbe torkollott Merca közelében, feltételezhetően az őskorban megváltozott a folyása. A Shabeelle ma Balcad közelében (Mogadishutól mintegy harminc kilométerre északra) délnyugat felé fordul, és több mint nyolcvanöt kilométeren át a part mentén halad. A folyó csak Mogadishutól délnyugatra egy pontig évelő; ezt követően mocsaras területekből és száraz szakaszokból áll, és végül Jilibtől keletre, a Jubba folyótól nem messze a homokba torkollik. Árvíz idején a Shabeelle folyó egy Jilib melletti pontig feltöltheti medrét, és időnként még a délebbre fekvő Jubba folyóba is betörhet. A kedvező csapadék- és talajviszonyok az egész folyó menti régiót termékeny mezőgazdasági területté és az ország legnagyobb ülő népességének központjává teszik.
Szomália északi, északkeleti és észak-középső részének nagy részén, ahol kevés a csapadék, a növényzet elszórtan álló alacsony fákból, köztük különböző akácokból és szétszórtan elhelyezkedő fűfoltokból áll. Ez a növényzet átadja helyét az alacsony bokrok és fűcsomók kombinációjának az északkeleti és az Ádeni-öböl mentén fekvő, erősen száraz területeken.
Amint a tengerszint feletti magasság és a csapadékmennyiség növekszik az északi tengeri területeken, a növényzet sűrűbbé válik. Gyakoriak az aloék, és az Ogo magasabb fennsíkjain erdők találhatók. Néhány helyen 1500 méter felett borókaerdők maradványai (állami védelem alatt) és Euphorbia candelabrum (csillár típusú tüskés növény) területei fordulnak elő. Az északkeleti, szárazabb felföldeken a Boswellia és a Commiphora fákból származik a tömjén és a mirha, amelyekről Szomália ősidők óta ismert.
A Hargeysa északi városát körülölelő széles fennsíkot, amely viszonylag sok csapadékot kap, természetes módon erdők (amelyek nagy részét a túllegeltetés degradálta) és helyenként kiterjedt füves területek borítják. E terület egy részét az 1930-as évek óta művelik, cirokot és kukoricát termesztenek; az 1990-es években ez volt az egyetlen jelentős ültetvényes művelésű terület Délnyugat-Szomálián kívül.
A Hargeysától délre fekvő Haudot többnyire elszórt fákból, főként akácokból álló félszáraz erdőség borítja, amelyet fűfélék borítanak, köztük olyan fajok, amelyeket a jószágok különösen kedvelnek takarmányként. A növényzet felülről nézve tigrisbőrre emlékeztető, térben periodikusan ismétlődő mintázatot alkot, ezért “tigrisbokor” néven ismert. Ahogy a Haud beolvad a közép-szomáliai Mudug-síkságba, a szárazság fokozódik, és a növényzet szubsivatagi jelleget ölt. Délebbre a domborzat az éves csapadékmennyiség növekedésével fokozatosan félszáraz erdőkké és gyepekké változik.
A Shabeelle és a Jubba folyókat körülvevő régió viszonylag jól öntözött, és az ország legművelhetőbb övezetét alkotja. A folyók közötti síkságon gazdag legelők találhatók. Száraz vagy szubszáraz szavannák, nyílt erdők és sűrűsödő területek jellemzik, amelyek között gyakran bőséges fűfélék találhatók. Vannak füves területek, és a távolabbi délnyugati részen, a kenyai határ közelében néhány száraz örökzöld erdő is található.
A Szomáliai-tenger mentén Hobyótól délnyugatra, Mogadishu közelében található egy száraz parti homokdűnékből álló szakasz, a Hobyo füves és bozótos ökorégió. Ezt a területet elszórtan bozót és fűcsomók borítják, ahol a csapadék elegendő, bár kiszámíthatatlan. A partvidék nagy része ritkán lakott, de a túllegeltetés, különösen Mogadishutól délre, a védő növénytakaró pusztulásához és az egykor álló dűnék fokozatos beljebb vándorlásához vezetett. E partvidék eredeti növényvilága számos endemikus fajt tartalmaz, és az 1970-es évek elejétől kezdődően erőfeszítéseket tettek a dűnék újratelepítéssel történő stabilizálására. Az endemikus emlősök közé tartozik az ezüst dik-dik (Madoqua piacentinii), a világ egyik legkisebb antilopja, és a szomáliai arany vakond (Calcochloris tytonis). További endemikus fajok közé tartozik két hüllő, egy skink (Haackgreerius miopus) és egy gyík (Latastia cherchii), valamint két madár, a hamvas pacsirta (Mirafra ashi) és az obbiai pacsirta (Spizocorys obbiensis). A szomáliai hosszú távú politikai viszályok miatt a partvidék kevéssé tanulmányozott, és az élőhely állapota ismeretlen.
Az egyéb növényzethez tartoznak a növények és füvek, amelyek az év nagy részében a Shabeelle folyóba torkolló mocsarakban, valamint a Jubba folyó alsó folyásának más nagy mocsaraiban találhatók. Kelet-afrikai mangrove mocsarak találhatók a part mentén, különösen Kismaayótól a kenyai határ közelében. Úgy tűnik, hogy az ellenőrizetlen kiaknázás némi kárt okozott az erdőkben ezen a területen. További mangroveerdők találhatók Mogadishu közelében és számos helyen az északkeleti és az északi partok mentén.