El apodo de ‘Big John’ surgió por su tamaño y estatura. Mide 1,90 metros y pesa 260 libras, lo que le hace más grande que la mayoría de los atletas a los que preside. Según una entrevista de la UFC, el apodo se lo puso el cofundador y promotor de la UFC, Art Davie. McCarthy recuerda que el apodo comenzó cuando levantó por la fuerza a Davie del suelo y lo mantuvo en el aire.
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McCarthy fue el árbitro más veterano de la UFC y es muy conocido por su entrega de «Let’s Get It On!», un eslogan creado por el árbitro de boxeo Mills Lane. McCarthy fue uno de los árbitros principales de casi todos los combates de la UFC desde el UFC 2 hasta el UFC 77, y se le consideraba tan parte de la UFC como la propia arena octogonal, ya que fue la figura clave en la redacción de las actuales Reglas Unificadas para el deporte de las MMA, que ahora son reconocidas por la ABC y las Comisiones Atléticas de toda Norteamérica. Su combate número 535 fue el evento principal de The Ultimate Fighter: Team Hughes vs. Team Serra en Las Vegas, Roger Huerta vs. Clay Guida. McCarthy se retiró brevemente después de este combate para seguir una carrera como comentarista para The Fight Network, pero volvió a oficiar sólo un año después. Desde su regreso, McCarthy ha arbitrado para promociones de todo el mundo, como la UFC, K-1 (Japón), Strikeforce, Affliction, Bellator, King of the Cage y muchas otras.
Su conexión con la UFC se atribuye a su relación con la familia Gracie, en particular con Rorion Gracie. McCarthy había estado entrenando jiu-jitsu brasileño con Rorion en la Academia Gracie de Torrance, California, a principios de la década de 1990, y fue designado instructor certificado de «GRAPLE» (Gracie Resisting Attack Procedures for Law Enforcement) por la Academia Gracie en diciembre de 1993.
Cuando Rorion Gracie estaba organizando su nueva promoción de lucha en 1993, McCarthy expresó su interés en luchar para la UFC, pero Gracie se lo desaconsejó; sin embargo, debido a su experiencia en el cumplimiento de la ley, McCarthy fue visto como un hombre adecuado para arbitrar. Debutó en UFC 2: No Way Out en 1994.
Los primeros días de UFC no contenían muchas reglas; el papel de McCarthy era sólo supervisar la pelea y asegurarse de que terminara rápidamente cuando un competidor se sometiera (también conocido como tap out), fuera noqueado o se le tirara la toalla. ¡Aunque en un principio los ejecutivos de la UFC lo desaconsejaron, después de UFC 2 McCarthy insistió en que el árbitro detuviera el combate cuando un luchador no pudiera defenderse de forma inteligente.
El 31 de diciembre de 2004, McCarthy actuó como árbitro de un combate celebrado en la tarjeta K-1 Dynamite! en el Osaka Dome de Osaka, Japón, entre la leyenda de las MMA Royce Gracie y la leyenda del sumo convertida en luchador Akebono Taro.
El 12 de diciembre de 2015, McCarthy fue el árbitro del UFC 194 entre Conor McGregor y José Aldo, que se convirtió en el combate por el título más corto (13 segundos) de la historia del UFC.