O apelido de ‘Big John’ surgiu por causa do seu tamanho e estatura. Ele mede 1,80 m e pesa 260 lb; tornando-o maior do que a maioria dos atletas a quem ele preside. De acordo com uma entrevista do UFC, o apelido foi dado a ele pelo co-fundador e promotor do UFC, Art Davie. McCarthy lembra que o apelido começou quando ele levantou Davie à força do chão e o manteve no ar.
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McCarthy foi o árbitro mais experiente do UFC e é bem conhecido por sua entrega de “Let’s Get It On!”, uma frase criada pelo árbitro de boxe Mills Lane. McCarthy foi um dos árbitros principais de quase todas as lutas do UFC desde o UFC 2 até o UFC 77, e foi considerado tanto parte do UFC quanto da própria arena octogonal, pois foi a figura chave na redação das Regras Unificadas atuais para o esporte do MMA, que agora é reconhecido pelo ABC e pelas Comissões Atléticas de toda a América do Norte. O seu 535º combate foi o principal evento no The Ultimate Fighter: Team Hughes vs. Team Serra finale em Las Vegas, Roger Huerta vs. Clay Guida. McCarthy se aposentou brevemente após esta disputa para seguir uma carreira como comentarista do The Fight Network, mas voltou a oficializar apenas um ano depois. Desde seu retorno, McCarthy foi árbitro para promoções em todo o mundo, incluindo o UFC, K-1 (Japão), Strikeforce, Affliction, Bellator, King of the Cage e uma multidão de outros.
A sua ligação com o UFC foi atribuída ao seu relacionamento com a família Gracie, particularmente Rorion Gracie. McCarthy havia treinado jiu-jitsu brasileiro sob Rorion na Gracie Academy, em Torrance, CA, no início dos anos 1990, e foi designado pela Gracie Academy, em dezembro de 1993, instrutor certificado “GRAPLE” (Gracie Resisting Attack Procedures for Law Enforcement).
Quando Rorion Gracie estava organizando sua nova promoção de luta em 1993, McCarthy manifestou interesse em lutar pela UFC, mas Gracie desaconselhou; no entanto, devido à sua experiência na aplicação da lei, McCarthy foi visto como um homem adequado para arbitrar. Ele estreou no UFC 2: No Way Out em 1994.
Os primeiros dias do UFC não continham muitas regras; o papel de McCarthy era apenas supervisionar a luta e garantir que ela terminasse prontamente quando um competidor ou se submetia (também conhecido como tap out), era nocauteado, ou tinha sua toalha jogada dentro. Apesar de ter sido o primeiro a ser desaprovado pelos executivos do UFC, depois do UFC 2 McCarthy insistiu nas paragens dos árbitros quando um lutador não se pode defender inteligentemente.
Em 31 de Dezembro de 2004, McCarthy serviu como árbitro para uma luta realizada na Dinamite K-1! Na Cúpula de Osaka em Osaka, Japão, entre Royce Gracie, lenda do MMA, e Akebono Taro, lenda de Sumo.
Em 12 de dezembro de 2015, McCarthy serviu como árbitro do UFC 194 entre Conor McGregor e Jose Aldo, que se tornou o mais curto combate de títulos (13 segundos) na história do UFC.