Fizjograficznie Somalia jest krajem o ograniczonym kontraście. Na północy równolegle do wybrzeża Zatoki Adeńskiej ciągnie się morska równina półpustynna, której szerokość waha się od około dwunastu kilometrów na zachodzie do zaledwie dwóch kilometrów na wschodzie. Pokryta zaroślami równina ta, znana jako Guban (ziemia zarośli), poprzecinana jest szerokimi, płytkimi ciekami wodnymi, które są korytami suchego piasku, z wyjątkiem pór deszczowych. Kiedy nadejdą deszcze, roślinność, będąca połączeniem niskich krzewów i kęp traw, szybko się odnawia i przez pewien czas guban zapewnia wypas koczującym zwierzętom. Ten pas przybrzeżny jest częścią ekoregionu etiopskich muraw kserotermicznych i krzewów.
W głąb lądu od wybrzeża zatoki, równina wznosi się do urwistych, skierowanych na północ klifów rozczłonkowanej wyżyny. Te tworzą chropowaty Karkaar pasma górskie, które rozciągają się od północno-zachodniej granicy z Etiopii na wschód do końca Rogu Afryki, gdzie kończy się w strome klify w Caseyr. Ogólne wzniesienie wzdłuż grzbietu tych gór wynosi średnio około 1800 metrów nad poziomem morza na południe od miasta portowego Berbera, a na wschód od tego obszaru wznosi się na wysokość 1800 do 2100 metrów prawie do Caseyr. Najwyższy punkt kraju, Shimber Berris, który wznosi się na 2,460 metrów, znajduje się w pobliżu miasta Erigavo.
Southward góry schodzą, często w blizny gzyms, do podwyższonego płaskowyżu pozbawionego rzek wieloletnich. Ten region łamanego terenu górskiego, płytkich dolin płaskowyżu i zazwyczaj suchych cieków wodnych znany jest Somalijczykom jako Ogo.
W szczególnie suchej wschodniej części Ogo, płaskowyż – poprzecinany kilkoma odizolowanymi łańcuchami górskimi – stopniowo opada w kierunku Morza Somalijskiego, a w środkowej Somalii stanowi równinę Mudug. Główną cechą tej wschodniej części jest długa i szeroka dolina Nugaal, z rozbudowaną siecią okresowych cieków wodnych. Rzeka Nugaal wpada do Morza Somalijskiego w Ejl. The eastern area’s population consists mainly of pastoral nomads eking a living in a zone of low and erratic rainfall.
Zachodnia część regionu płaskowyżu Ogo poprzecinana jest licznymi płytkimi dolinami i suchymi ciekami wodnymi. Roczne opady są tu większe niż na wschodzie, a płaskie obszary gruntów ornych stanowią schronienie dla rolników uprawiających ziemię na suchym lądzie. Co najważniejsze, w zachodniej części obszaru znajdują się stałe studnie, do których ludność, głównie koczownicza, powraca w porze suchej. Zachodni płaskowyż łagodnie opada w kierunku południowym i niezauważalnie łączy się z obszarem znanym jako Haud, szerokim, pofałdowanym terenem, który stanowi jedne z najlepszych pastwisk dla somalijskich nomadów, pomimo braku odczuwalnych opadów przez ponad połowę roku. Wartość Haud zwiększają naturalne depresje, które w okresach deszczowych stają się tymczasowymi jeziorami i stawami.
Strefa Haud ciągnie się przez ponad sześćdziesiąt kilometrów w głąb Etiopii, a rozległy Płaskowyż Somalijski, leżący między północnymi górami Somalii a wyżynami południowo-wschodniej Etiopii, rozciąga się na południe i wschód przez Etiopię do środkowej i południowo-zachodniej Somalii. Część Haud leżąca w Etiopii była przedmiotem porozumienia zawartego w czasach kolonialnych. W 1948 roku, pod naciskiem swoich sojuszników z czasów II wojny światowej i ku przerażeniu Somalijczyków, Brytyjczycy „zwrócili” Haud (ważny somalijski obszar wypasu, który przypuszczalnie był „chroniony” przez brytyjskie traktaty z Somalijczykami z 1884 i 1886 roku) oraz Ogaden Etiopii, na podstawie traktatu z 1897 roku, w którym Brytyjczycy scedowali terytorium Somalii na rzecz cesarza Etiopii Menelika w zamian za jego pomoc w walce z grabieżami dokonywanymi przez klany somalijskie. Wielka Brytania zawarła w nim zastrzeżenie, że somalijscy nomadzi zachowają swoją autonomię, ale Etiopia natychmiast zażądała nad nimi suwerenności. Spowodowało to nieudaną próbę odkupienia przez Wielką Brytanię w 1956 r. zwróconych jej ziem somalijskich. Od tego czasu ten odcinek ziemi był znaczącym źródłem regionalnych konfliktów.
Południowo-zachodnia Somalia jest zdominowana przez jedyne dwie stałe rzeki kraju, Jubbę i Shabeelle. Rzeki te, mające swoje źródła na wyżynie etiopskiej, płyną zasadniczo w kierunku południowym, przecinając szerokie doliny na Płaskowyżu Somalijskim, gdy opadają w kierunku morza; wysokość płaskowyżu gwałtownie spada w tym obszarze. Przyległa strefa przybrzeżna, która obejmuje dolny bieg rzek i rozciąga się od równiny Mudug do granicy z Kenią, wynosi średnio 180 metrów nad poziomem morza.
Rzeka Jubba wpływa do Morza Somalijskiego w Kismaayo. Chociaż rzeka Shabeelle w pewnym momencie najwyraźniej również dotarła do morza w pobliżu Merca, uważa się, że jej bieg zmienił się w czasach prehistorycznych. Obecnie Shabeelle skręca na południowy zachód w pobliżu Balcad (około trzydziestu kilometrów na północ od Mogadiszu) i biegnie wzdłuż wybrzeża przez ponad osiemdziesiąt pięć kilometrów. Rzeka jest wieloletnia tylko do punktu na południowy zachód od Mogadiszu; potem składa się z bagnistych obszarów i suchych odcinków, aż w końcu ginie w piasku na wschód od Jilib, niedaleko rzeki Jubba. Podczas sezonów powodziowych rzeka Shabeelle może wypełniać swoje koryto do punktu w pobliżu Jilib, a czasami może nawet przebijać się do rzeki Jubba położonej dalej na południe. Korzystne opady deszczu i warunki glebowe sprawiają, że cały region nadrzeczny jest żyznym obszarem rolniczym i ośrodkiem największej w kraju ludności osiadłej.
W większości północnej, północno-wschodniej i północno-środkowej Somalii, gdzie opady są niewielkie, roślinność składa się z rozproszonych niskich drzew, w tym różnych akacji, i szeroko rozrzuconych płatów trawy. Roślinność ta ustępuje miejsca połączeniu niskich krzewów i kęp traw w bardzo suchych obszarach północno-wschodnich i wzdłuż Zatoki Adeńskiej.
W miarę wzrostu wysokości i opadów w pasmach morskich na północy, roślinność staje się gęstsza. Aloes jest powszechny, a na wyższych obszarach płaskowyżu Ogo występują lasy. W kilku miejscach powyżej 1500 metrów występują resztki lasów jałowcowych (chronionych przez państwo) oraz obszary występowania Euphorbia candelabrum (kolczastej rośliny typu żyrandol). Na bardziej suchych wyżynach północnego wschodu drzewa Boswellia i Commiphora są źródłem, odpowiednio, kadzidła i mirry, z których Somalia znana jest od czasów starożytnych.
Rozległy płaskowyż obejmujący północne miasto Hargeysa, który otrzymuje stosunkowo obfite opady, jest naturalnie pokryty lasami (z których znaczna część została zdegradowana przez nadmierny wypas), a miejscami rozległymi łąkami. Część tego obszaru jest uprawiana od lat trzydziestych XX wieku i produkuje się na nim sorgo i kukurydzę; w latach dziewięćdziesiątych XX wieku stanowił on jedyny znaczący region uprawy osiadłej poza południowo-zachodnią Somalią.
Haud na południe od Hargeysy jest pokryty głównie półsuchym lasem złożonym z rozproszonych drzew, głównie akacji, na podłożu traw, wśród których występują gatunki szczególnie preferowane przez zwierzęta gospodarskie jako pasza. Roślinność ta tworzy przestrzenne, okresowe wzory przypominające z góry skórę tygrysa i dlatego znana jest jako „tygrysi busz”. W miarę jak Haud łączy się z równiną Mudug w środkowej Somalii, zwiększa się jałowość, a roślinność nabiera charakteru subpustynnego. Dalej na południe teren stopniowo zmienia się w półpustynne lasy i pastwiska, ponieważ zwiększa się roczna suma opadów.
Region obejmujący rzeki Shabeelle i Jubba jest stosunkowo dobrze nawodniony i stanowi najbardziej uprawną strefę kraju. Niziny położone między rzekami stanowią bogate pastwiska. Występuje tam jałowa lub podrównikowa sawanna, otwarte lasy i zarośla, w których często występują obfite trawy. Istnieją obszary użytków zielonych, a na dalekim południowym zachodzie, w pobliżu granicy z Kenią, niektóre suche lasy wiecznie zielone.
Wzdłuż Morza Somalijskiego od Hobyo na południowy zachód do pobliżu Mogadiszu leży odcinek suchych wydm przybrzeżnych, ekoregion Hobyo łąk i krzewów. Obszar ten pokryty jest rozproszonymi zaroślami i kępami traw, gdzie opady są wystarczające, choć nieprzewidywalne. Znaczna część tego wybrzeża jest słabo zaludniona, ale nadmierny wypas, zwłaszcza na południe od Mogadiszu, doprowadził do zniszczenia ochronnej pokrywy roślinnej i stopniowego przesuwania się niegdyś stabilnych wydm w głąb lądu. Pierwotna flora tego wybrzeża zawiera wiele gatunków endemicznych i począwszy od wczesnych lat 70-tych, podjęto wysiłki w celu ustabilizowania tych wydm poprzez ponowne sadzenie. Endemiczne ssaki są srebrny dik-dik (Madoqua piacentinii), jeden z najmniejszych antylop na świecie, i Somalijski złoty kret (Calcochloris tytonis). Inne gatunki endemiczne to dwa gady, skink Haackgreerius miopus i jaszczurka Latastia cherchii oraz dwa ptaki, skowronek popielaty (Mirafra ashi) i skowronek obły (Spizocorys obbiensis). Długotrwałe konflikty polityczne w Somalii sprawiły, że wybrzeże jest słabo zbadane, a stan siedliska nieznany.
Inna roślinność obejmuje rośliny i trawy występujące na bagnach, do których rzeka Shabeelle wpływa przez większość roku i na innych dużych bagnach w biegu dolnej rzeki Jubba. Bagna wschodnioafrykańskich lasów namorzynowych znajdują się w punktach wzdłuż wybrzeża, szczególnie od Kismaayo do blisko granicy z Kenią. Wydaje się, że niekontrolowana eksploatacja spowodowała pewne szkody w lasach na tym obszarze. Inne lasy namorzynowe znajdują się w pobliżu Mogadiszu i w wielu miejscach wzdłuż północno-wschodniego i północnego wybrzeża.
.