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Fisiograficamente, a Somália é uma terra de contraste limitado. No norte, uma planície semidesértica marítima é paralela à costa do Golfo de Aden, variando em largura desde cerca de doze quilómetros a oeste até tão pouco como dois quilómetros a leste. Esta planície, conhecida como Guban (terra de arbustos), é atravessada por cursos de água amplos e rasos que são leitos de areia seca, excepto nas estações chuvosas. Quando as chuvas chegam, a vegetação, que é uma combinação de arbustos baixos e tufos de erva, é rapidamente renovada, e durante algum tempo o guban fornece algum pasto para o gado nómada. Esta faixa costeira faz parte da ecorregião de pastos xericais e arbustos da Etiópia.
Leste da costa do Golfo, a planície sobe para as precipitadas falésias viradas a norte das terras altas dissecadas. Estes formam as escarpadas cadeias montanhosas de Karkaar que se estendem desde a fronteira noroeste com a Etiópia para leste, até à ponta do Corno de África, onde terminam em penhascos de Caseyr. A elevação geral ao longo da crista destas montanhas é de cerca de 1.800 metros acima do nível do mar, ao sul da cidade portuária de Berbera, e a leste dessa área continua a 1.800 a 2.100 metros quase até Caseyr. O ponto mais alto do país, Shimber Berris, que se eleva a 2.460 metros, está localizado perto da cidade de Erigavo.
Sul as montanhas descem, muitas vezes em bordas escarpadas, para um planalto elevado desprovido de rios perenes. Esta região de terreno montanhoso quebrado, vales rasos de planalto, e geralmente cursos de água secos é conhecida pelos somalis como o Ogo.
Na parte oriental especialmente árida do Ogo, o planalto – quebrado por várias cadeias de montanhas isoladas – gradativamente declives em direção ao Mar da Somália e no centro da Somália constitui a Planície de Mudug. Uma característica importante desta secção oriental é o longo e largo Vale do Nugaal, com a sua extensa rede de cursos de água sazonais intermitentes. O rio Nugaal entra no Mar da Somália em Eyl. A população da zona oriental consiste principalmente de nómadas pastoris que vivem numa zona de precipitação baixa e errática.
A parte ocidental da região do planalto de Ogo é atravessada por numerosos vales rasos e cursos de água secos. A precipitação anual é maior do que no leste, e há áreas planas de terra arável que fornecem um lar para os cultivadores de terra seca. Mais importante, a zona ocidental tem poços permanentes aos quais a população predominantemente nómada regressa durante as estações secas. O planalto ocidental inclina-se suavemente para sul e funde-se imperceptivelmente numa área conhecida como Haud, um terreno amplo e ondulado que constitui algumas das melhores terras de pastagem para os nómadas somalis, apesar da falta de chuvas apreciáveis durante mais de metade do ano. Aumentando o valor do Haud estão as depressões naturais que durante períodos de chuva se tornam lagos e lagoas temporárias.
A zona de Haud continua por mais de sessenta quilômetros até a Etiópia, e o vasto planalto somali, que fica entre as montanhas do norte da Somália e as terras altas do sudeste da Etiópia, estende-se para sul e leste através da Etiópia até o centro e sudoeste da Somália. A parte do Haud situada no interior da Etiópia foi objecto de um acordo feito durante a era colonial. Em 1948, sob pressão dos seus aliados da Segunda Guerra Mundial e para consternação dos somalis, os britânicos “devolveram” os Haud (uma importante área de pastagem somali que foi presumivelmente “protegida” pelos tratados britânicos com os somalis em 1884 e 1886) e os Ogaden à Etiópia, com base num tratado de 1897 no qual os britânicos cederam o território somali ao imperador etíope Menelik em troca da sua ajuda contra a pilhagem pelos clãs somalis. A Grã-Bretanha incluiu a condição de que os nómadas somalis conservariam a sua autonomia, mas a Etiópia reclamou imediatamente a soberania sobre eles. Isto levou a uma oferta infrutífera da Grã-Bretanha, em 1956, para comprar de volta as terras somalis que tinha entregue. A extensão de terra tem sido desde então uma fonte considerável de conflitos regionais.
Sudoeste da Somália é dominada pelos dois únicos rios permanentes do país, o Jubba e o Shabeelle. Com suas nascentes nas terras altas da Etiópia, estes rios fluem em uma direção geralmente sul, cortando largos vales no Planalto da Somália ao descer em direção ao mar; a elevação do planalto cai rapidamente nesta área. A zona costeira adjacente, que inclui os cursos inferiores dos rios e se estende desde a Planície de Mudug até a fronteira com o Quénia, fica em média 180 metros acima do nível do mar.
O rio Jubba entra no Mar da Somália em Kismaayo. Embora o rio Shabeelle, em algum momento, aparentemente também chegou ao mar perto de Merca, pensa-se que o seu curso tenha mudado nos tempos pré-históricos. O Shabeelle vira agora para sudoeste perto do Balcad (cerca de trinta quilómetros a norte de Mogadíscio) e faz paralelismo com a costa durante mais de oitenta e cinco quilómetros. O rio é perene apenas até um ponto a sudoeste de Mogadíscio; depois disso, é composto por áreas pantanosas e alcances secos e é finalmente perdido na areia a leste de Jilib, não muito longe do rio Jubba. Durante as estações das cheias, o rio Shabeelle pode encher o seu leito até um ponto próximo de Jilib e, ocasionalmente, pode até romper até ao rio Jubba, mais ao sul. Chuvas favoráveis e condições de solo fazem de toda a região ribeirinha uma área agrícola fértil e o centro da maior população sedentária do país.
Na maior parte do norte, nordeste e norte-central da Somália, onde a precipitação é baixa, a vegetação consiste em árvores baixas dispersas, incluindo várias acácias, e manchas de grama amplamente espalhadas. Esta vegetação dá lugar a uma combinação de arbustos baixos e tufos de capim nas áreas altamente áridas do nordeste e ao longo do Golfo de Aden.
À medida que as elevações e a pluviosidade aumentam na faixa marítima do norte, a vegetação torna-se mais densa. Os aloés são comuns, e nas áreas de planalto mais altas do Ogo são bosques. Em alguns lugares acima de 1.500 metros, ocorrem os remanescentes de florestas de zimbro (protegidas pelo estado) e áreas de candelabro de Euphorbia (planta espinhosa do tipo candelabro). Nos planaltos mais áridos do nordeste, Boswellia e Commiphora são fontes, respectivamente, do incenso e da mirra pelos quais a Somália é conhecida desde a antiguidade.
Um amplo planalto que abrange a cidade de Hargeysa, ao norte, que recebe chuvas relativamente fortes, é coberto naturalmente por bosques (muitos dos quais foram degradados pelo sobrepastoreio) e em lugares por extensos pastos. Partes desta área têm sido cultivadas desde os anos 30, produzindo sorgo e milho; nos anos 90 constituiu a única região significativa de cultivo sedentário fora do sudoeste da Somália.
O Haud ao sul de Hargeysa é coberto principalmente por um bosque semi-árido de árvores dispersas, principalmente acácias, subcoberto por gramíneas que incluem espécies especialmente favorecidas pelo gado como forragem. A vegetação forma padrões espacialmente periódicos que lembram a pele de um tigre quando visto de cima e, portanto, conhecido como “mato de tigre”. À medida que o Haud se funde na Planície de Mudug, no centro da Somália, a aridez aumenta e a vegetação assume um carácter subdesértico. Mais para sul, o terreno muda gradualmente para bosques e prados semi-áridos à medida que a precipitação anual aumenta.
A região que engloba os rios Shabeelle e Jubba é relativamente bem regada e constitui a zona mais arável do país. As terras baixas entre os rios suportam pastagens ricas. Apresenta savanas áridas a subáridas, bosques abertos e matas que incluem frequentemente gramíneas subjacentes abundantes. Existem áreas de pastagem, e no extremo sudoeste, perto da fronteira com o Quénia, encontram-se algumas florestas secas sempre verdes.
Ao longo do Mar da Somália, de Hobyo para sudoeste até perto de Mogadíscio, encontra-se uma faixa de dunas de areia costeira seca, as pradarias de Hobyo e a eco-região de shrublands. Esta área é coberta por mato disperso e tufos de relva onde a precipitação é suficiente, embora imprevisível. Grande parte desta costa é pouco povoada, mas o sobrepastoreio, particularmente a sul de Mogadíscio, resultou na destruição da cobertura vegetal protectora e no movimento gradual das dunas outrora estacionárias no interior. A flora original desta costa contém uma série de espécies endémicas e, a partir do início dos anos 70, foram feitos esforços para estabilizar estas dunas através de replantio. Os mamíferos endêmicos são o dik-dik prateado (Madoqua piacentinii), um dos antílopes mais pequenos do mundo, e a toupeira dourada somali (Calcochloris tytonis). Outras espécies endémicas incluem dois répteis, um skink Haackgreerius miopus e um lagarto Latastia cherchii e duas aves, a cotovia de Ash (Mirafra ashi) e a cotovia de Obbia (Spizocorys obbiensis). A luta política a longo prazo na Somália significou que a costa é pouco estudada e o estado do habitat desconhecido.
Outra vegetação inclui plantas e gramíneas encontradas nos pântanos em que o rio Shabeelle se esvazia a maior parte do ano e em outros grandes pântanos no curso do baixo rio Jubba. Os pântanos dos manguezais da África Oriental encontram-se em pontos ao longo da costa, particularmente de Kismaayo até perto da fronteira do Quénia. A exploração descontrolada parece ter causado alguns danos às florestas naquela área. Outros manguezais estão localizados perto de Mogadíscio e em vários lugares ao longo da costa nordeste e norte.