Physiografisch gesehen ist Somalia ein Land mit geringen Kontrasten. Im Norden verläuft parallel zur Küste des Golfs von Aden eine maritime Halbwüstenebene, deren Breite von etwa zwölf Kilometern im Westen bis zu zwei Kilometern im Osten reicht. Diese Ebene, die als Guban (Buschland) bekannt ist, ist mit Gestrüpp bewachsen und wird von breiten, flachen Wasserläufen durchzogen, die außer in der Regenzeit aus trockenem Sand bestehen. Wenn der Regen einsetzt, erneuert sich die Vegetation, die aus einer Kombination von niedrigen Büschen und Grasbüscheln besteht, rasch, und der Guban bietet eine Zeit lang Weideland für das Nomadenvieh. Dieser Küstenstreifen ist Teil der äthiopischen Ökoregion der xerischen Gras- und Strauchlandschaften.
Im Landesinneren steigt die Ebene von der Golfküste zu den steilen, nach Norden gerichteten Klippen des zerklüfteten Hochlands an. Diese bilden die zerklüfteten Karkaar-Gebirgszüge, die sich von der nordwestlichen Grenze zu Äthiopien ostwärts bis zur Spitze des Horns von Afrika erstrecken, wo sie bei Caseyr in steilen Klippen enden. Die allgemeine Höhe entlang des Gebirgskamms beträgt südlich der Hafenstadt Berbera durchschnittlich 1.800 Meter über dem Meeresspiegel und setzt sich östlich davon mit 1.800 bis 2.100 Metern bis fast nach Caseyr fort. Der höchste Punkt des Landes, Shimber Berris, der sich auf 2.460 Meter erhebt, liegt in der Nähe der Stadt Erigavo.
Südlich fallen die Berge, oft in schroffen Felsvorsprüngen, zu einem Hochplateau ab, in dem es keine mehrjährigen Flüsse gibt. Diese Region mit zerklüftetem Gebirge, flachen Plateautälern und meist trockenen Wasserläufen ist bei den Somaliern als Ogo bekannt.
Im besonders trockenen östlichen Teil des Ogo fällt die Hochebene – unterbrochen von mehreren isolierten Gebirgszügen – allmählich zum Somalischen Meer hin ab und bildet in Zentralsomalia die Mudug-Ebene. Ein Hauptmerkmal dieses östlichen Abschnitts ist das lange und breite Nugaal-Tal mit seinem ausgedehnten Netz von saisonal wechselnden Wasserläufen. Der Nugaal-Fluss mündet bei Eyl in das Somalische Meer. Die Bevölkerung des östlichen Gebiets besteht hauptsächlich aus Hirtennomaden, die in einem Gebiet mit geringen und unregelmäßigen Niederschlägen ihren Lebensunterhalt verdienen.
Der westliche Teil der Ogo-Hochebene ist von zahlreichen flachen Tälern und trockenen Wasserläufen durchzogen. Die jährlichen Niederschlagsmengen sind höher als im Osten, und es gibt flache Ackerflächen, die den Trockenfeldbauern eine Heimat bieten. Vor allem im Westen gibt es ständige Brunnen, zu denen die überwiegend nomadisch lebende Bevölkerung während der Trockenzeiten zurückkehrt. Das westliche Plateau fällt sanft nach Süden ab und geht unmerklich in ein Gebiet über, das als Haud bekannt ist, ein breites, hügeliges Gelände, das einige der besten Weideflächen für somalische Nomaden darstellt, obwohl es mehr als die Hälfte des Jahres keine nennenswerten Niederschläge gibt. Die Haud-Zone erstreckt sich über mehr als sechzig Kilometer bis nach Äthiopien, und das riesige somalische Plateau, das zwischen den nördlichen somalischen Bergen und dem Hochland im Südosten Äthiopiens liegt, erstreckt sich nach Süden und Osten durch Äthiopien bis nach Zentral- und Südwestsomalia. Der Teil des Haud, der innerhalb Äthiopiens liegt, war Gegenstand eines Abkommens aus der Kolonialzeit. Auf Druck ihrer Verbündeten aus dem Zweiten Weltkrieg und zum Unmut der Somalier gaben die Briten 1948 den Haud (ein wichtiges somalisches Weidegebiet, das vermutlich durch britische Verträge mit den Somaliern aus den Jahren 1884 und 1886 „geschützt“ war) und den Ogaden an Äthiopien „zurück“, und zwar auf der Grundlage eines Vertrags aus dem Jahr 1897, in dem die Briten dem äthiopischen Kaiser Menelik somalisches Territorium als Gegenleistung für seine Hilfe gegen Plünderungen durch somalische Clans abtraten. Die Briten schlossen die Bedingung ein, dass die somalischen Nomaden ihre Autonomie behalten sollten, aber Äthiopien beanspruchte sofort die Souveränität über sie. Dies veranlasste Großbritannien 1956 zu einem erfolglosen Versuch, die abgetretenen somalischen Gebiete zurückzukaufen. Der Landstrich ist seither eine erhebliche Quelle regionaler Konflikte.
Der Südwesten Somalias wird von den beiden einzigen permanenten Flüssen des Landes, dem Jubba und dem Shabeelle, beherrscht. Diese Flüsse, die im äthiopischen Hochland entspringen, fließen im Allgemeinen in südlicher Richtung und schneiden weite Täler in das zum Meer hin abfallende somalische Hochplateau, dessen Höhe in diesem Gebiet rasch abfällt. Das angrenzende Küstengebiet, das die Unterläufe der Flüsse einschließt und sich von der Mudug-Ebene bis zur kenianischen Grenze erstreckt, liegt durchschnittlich 180 m über dem Meeresspiegel.
Der Jubba-Fluss mündet bei Kismaayo in das somalische Meer. Obwohl der Shabeelle-Fluss einst offenbar auch das Meer bei Merca erreichte, soll sich sein Verlauf in prähistorischer Zeit geändert haben. Heute wendet sich der Shabeelle in der Nähe von Balcad (etwa dreißig Kilometer nördlich von Mogadischu) nach Südwesten und verläuft mehr als fünfundachtzig Kilometer parallel zur Küste. Der Fluss ist nur bis zu einem Punkt südwestlich von Mogadischu durchgängig; danach besteht er aus sumpfigen Gebieten und trockenen Abschnitten und verliert sich schließlich östlich von Jilib, nicht weit vom Jubba-Fluss, im Sand. Während der Hochwassersaison kann der Shabeelle-Fluss sein Bett bis zu einem Punkt in der Nähe von Jilib füllen und gelegentlich sogar zum Jubba-Fluss weiter südlich durchbrechen. Günstige Niederschlags- und Bodenbedingungen machen die gesamte Flussregion zu einem fruchtbaren landwirtschaftlichen Gebiet und zum Zentrum der größten sesshaften Bevölkerung des Landes.
Im größten Teil des nördlichen, nordöstlichen und nordzentralen Somalia, wo die Niederschläge gering sind, besteht die Vegetation aus verstreuten niedrigen Bäumen, darunter verschiedene Akazien, und weit verstreuten Grasflächen. In den sehr trockenen Gebieten im Nordosten und entlang des Golfs von Aden geht diese Vegetation in eine Kombination aus niedrigen Büschen und Grasbüscheln über.
Mit zunehmender Höhe und Niederschlagsmenge in den maritimen Gebieten des Nordens wird die Vegetation dichter. Aloen sind weit verbreitet, und auf den höheren Plateaus des Ogo gibt es Wälder. An einigen Stellen oberhalb von 1.500 Metern gibt es Reste von Wacholderwäldern (staatlich geschützt) und Flächen mit Euphorbia candelabrum (einer leuchterartigen Stachelpflanze). Im eher trockenen Hochland des Nordostens liefern Boswellia- und Commiphora-Bäume den Weihrauch bzw. die Myrrhe, für die Somalia seit der Antike bekannt ist.
Eine breite Hochebene, die die nördliche Stadt Hargeysa umfasst und vergleichsweise starke Niederschläge erhält, ist von Natur aus mit Wäldern (von denen ein Großteil durch Überweidung degradiert wurde) und stellenweise mit ausgedehntem Grasland bedeckt. Teile dieses Gebiets werden seit den 1930er Jahren kultiviert, wobei Sorghum und Mais angebaut werden; in den 1990er Jahren war dies die einzige nennenswerte Region mit sesshaftem Anbau außerhalb des Südwestens Somalias.
Das Haud südlich von Hargeysa ist größtenteils von einem halbtrockenen Wald mit vereinzelten Bäumen, hauptsächlich Akazien, bedeckt, der von Gräsern unterlagert wird, zu denen auch Arten gehören, die vom Vieh als Futtermittel besonders bevorzugt werden. Die Vegetation bildet dort räumlich periodische Muster, die von oben betrachtet an ein Tigerfell erinnern und daher als „Tigerbusch“ bekannt sind. Wenn der Haud in die Mudug-Ebene in Zentralsomalia übergeht, nimmt die Trockenheit zu und die Vegetation nimmt den Charakter einer Subwüste an. Weiter südlich geht das Gelände allmählich in halbtrockenes Wald- und Grasland über, da die jährlichen Niederschläge zunehmen.
Die Region um die Flüsse Shabeelle und Jubba ist relativ gut bewässert und stellt die am meisten bewirtschaftete Zone des Landes dar. Das Tiefland zwischen den Flüssen ist reich an Weideflächen. Hier gibt es trockene bis subaride Savannen, offene Wälder und Dickichte, in denen häufig reichlich Gräser wachsen. Im äußersten Südwesten, nahe der kenianischen Grenze, gibt es einige trockene, immergrüne Wälder.
Entlang des somalischen Meeres von Hobyo südwestlich bis in die Nähe von Mogadischu liegt ein Abschnitt trockener Küstendünen, die Ökoregion Hobyo-Grasland und Strauchland. Dieses Gebiet ist mit verstreutem Gestrüpp und Grasbüscheln bedeckt, wo die Niederschläge zwar ausreichend, aber unvorhersehbar sind. Ein Großteil dieser Küste ist dünn besiedelt, aber die Überweidung, insbesondere südlich von Mogadischu, hat zur Zerstörung der schützenden Vegetationsdecke und zur allmählichen Verlagerung der einst stationären Dünen ins Landesinnere geführt. Die ursprüngliche Flora dieser Küste enthält eine Reihe endemischer Arten, und seit Anfang der 1970er Jahre wurden Anstrengungen unternommen, diese Dünen durch Wiederbepflanzung zu stabilisieren. Zu den endemischen Säugetieren gehören das Silberdikdik (Madoqua piacentinii), eine der kleinsten Antilopenarten der Welt, und der Somali-Goldmaulwurf (Calcochloris tytonis). Weitere endemische Arten sind zwei Reptilien, ein Skink (Haackgreerius miopus) und eine Eidechse (Latastia cherchii) sowie zwei Vögel, die Aschlerche (Mirafra ashi) und die Obbia-Lerche (Spizocorys obbiensis). Die langjährigen politischen Auseinandersetzungen in Somalia haben dazu geführt, dass die Küste nur wenig erforscht ist und der Zustand des Lebensraums unbekannt ist.
Zur sonstigen Vegetation gehören Pflanzen und Gräser in den Sümpfen, in die der Shabeelle-Fluss die meiste Zeit des Jahres mündet, sowie in anderen großen Sümpfen im Unterlauf des Jubba-Flusses. Sümpfe mit ostafrikanischen Mangroven finden sich an einigen Stellen entlang der Küste, insbesondere von Kismaayo bis nahe der kenianischen Grenze. Die unkontrollierte Ausbeutung scheint den Wäldern in diesem Gebiet einigen Schaden zugefügt zu haben. Weitere Mangroven befinden sich in der Nähe von Mogadischu und an einer Reihe von Orten entlang der nordöstlichen und nördlichen Küste.