Físicamente, Somalia es una tierra de escasos contrastes. En el norte, una llanura marítima semidesértica es paralela a la costa del Golfo de Adén, con una anchura que varía desde unos doce kilómetros en el oeste hasta tan sólo dos kilómetros en el este. Cubierta de matorrales, esta llanura, conocida como Guban (tierra de matorrales), está atravesada por cursos de agua amplios y poco profundos que son lechos de arena seca, excepto en las estaciones lluviosas. Cuando llegan las lluvias, la vegetación, que es una combinación de arbustos bajos y macizos de hierba, se renueva rápidamente, y durante un tiempo el guban proporciona algunos pastos para el ganado nómada. Esta franja costera forma parte de la ecorregión de los pastizales y matorrales xéricos etíopes.
En el interior de la costa del golfo, la llanura se eleva hasta los precipitados acantilados orientados al norte de las tierras altas disecadas. Éstas forman las escarpadas cordilleras de Karkaar, que se extienden desde la frontera noroeste con Etiopía hacia el este hasta la punta del Cuerno de África, donde terminan en escarpados acantilados en Caseyr. La elevación general a lo largo de la cresta de estas montañas es de unos 1.800 metros sobre el nivel del mar al sur de la ciudad portuaria de Berbera, y hacia el este desde esa zona continúa a 1.800 o 2.100 metros casi hasta Caseyr. El punto más alto del país, Shimber Berris, que se eleva a 2.460 metros, se encuentra cerca de la ciudad de Erigavo.
Hacia el sur, las montañas descienden, a menudo en repisas escarpadas, hasta una meseta elevada desprovista de ríos perennes. Esta región de terreno montañoso quebrado, valles de meseta poco profundos y cursos de agua generalmente secos es conocida por los somalíes como el Ogo.
En la parte oriental del Ogo, especialmente árida, la meseta -rompida por varias cordilleras aisladas- se inclina gradualmente hacia el mar de Somalia y en el centro de Somalia constituye la llanura de Mudug. Una característica importante de esta sección oriental es el largo y amplio valle del Nugaal, con su extensa red de cursos de agua estacionales intermitentes. El río Nugaal entra en el mar de Somalia en Eyl. La población de la zona oriental se compone principalmente de pastores nómadas que se ganan la vida en una zona de lluvias escasas e irregulares.
La parte occidental de la región de la meseta de Ogo está atravesada por numerosos valles poco profundos y cursos de agua secos. Las precipitaciones anuales son mayores que en el este, y hay zonas llanas de tierra cultivable que dan cobijo a los cultivadores de secano. Lo más importante es que la zona occidental cuenta con pozos permanentes a los que la población, predominantemente nómada, regresa durante las estaciones secas. La meseta occidental se inclina suavemente hacia el sur y se funde imperceptiblemente en una zona conocida como el Haud, un terreno amplio y ondulado que constituye una de las mejores tierras de pastoreo para los nómadas somalíes, a pesar de la falta de precipitaciones apreciables durante más de la mitad del año. Aumentan el valor del Haud las depresiones naturales que durante los periodos de lluvia se convierten en lagos y estanques temporales.
La zona del Haud se prolonga durante más de sesenta kilómetros hacia Etiopía, y la vasta meseta somalí, que se encuentra entre las montañas del norte de Somalia y las tierras altas del sureste de Etiopía, se extiende hacia el sur y el este a través de Etiopía hasta el centro y el suroeste de Somalia. La parte del Haud que se encuentra dentro de Etiopía fue objeto de un acuerdo realizado durante la época colonial. En 1948, bajo la presión de sus aliados de la Segunda Guerra Mundial y para consternación de los somalíes, los británicos «devolvieron» a Etiopía el Haud (una importante zona de pastoreo somalí que presumiblemente estaba «protegida» por los tratados británicos con los somalíes en 1884 y 1886) y el Ogaden, basándose en un tratado de 1897 en el que los británicos cedían el territorio somalí al emperador etíope Menelik a cambio de su ayuda contra los saqueos de los clanes somalíes. Gran Bretaña incluyó la condición de que los nómadas somalíes conservaran su autonomía, pero Etiopía reclamó inmediatamente su soberanía. Esto provocó un intento infructuoso por parte de Gran Bretaña en 1956 de recomprar las tierras somalíes que había cedido. Desde entonces, esta franja de tierra ha sido una fuente considerable de conflictos regionales.
El suroeste de Somalia está dominado por los dos únicos ríos permanentes del país, el Jubba y el Shabeelle. Con sus fuentes en las tierras altas de Etiopía, estos ríos fluyen en dirección sur, cortando amplios valles en la meseta somalí a medida que desciende hacia el mar; la elevación de la meseta cae rápidamente en esta zona. La zona costera adyacente, que incluye los tramos inferiores de los ríos y se extiende desde la llanura de Mudug hasta la frontera con Kenia, tiene una media de 180 metros sobre el nivel del mar.
El río Jubba entra en el mar somalí en Kismaayo. Aunque parece que el río Shabeelle llegó en su día al mar cerca de Merca, se cree que su curso cambió en tiempos prehistóricos. En la actualidad, el Shabeelle gira hacia el suroeste cerca de Balcad (a unos treinta kilómetros al norte de Mogadiscio) y recorre más de ochenta y cinco kilómetros paralelos a la costa. El río es perenne sólo hasta un punto al suroeste de Mogadiscio; después consta de zonas pantanosas y tramos secos y finalmente se pierde en la arena al este de Jilib, no lejos del río Jubba. Durante las épocas de crecida, el río Shabeelle puede llenar su lecho hasta un punto cercano a Jilib y, ocasionalmente, puede incluso abrirse paso hasta el río Jubba, más al sur. Las favorables condiciones de lluvia y suelo hacen de toda la región ribereña una zona agrícola fértil y el centro de la mayor población sedentaria del país.
En la mayor parte del norte, noreste y centro-norte de Somalia, donde las precipitaciones son escasas, la vegetación consiste en árboles bajos dispersos, incluyendo varias acacias, y parches de hierba muy dispersos. Esta vegetación da paso a una combinación de arbustos bajos y macizos de hierba en las zonas altamente áridas del noreste y a lo largo del Golfo de Adén.
A medida que las elevaciones y las precipitaciones aumentan en las cordilleras marítimas del norte, la vegetación se vuelve más densa. Los aloes son comunes, y en las zonas de meseta más altas del Ogo hay bosques. En algunos lugares por encima de los 1.500 metros se encuentran los restos de bosques de enebro (protegidos por el Estado) y zonas de Euphorbia candelabrum (una planta espinosa de tipo araña). En las tierras altas más áridas del noreste, los árboles Boswellia y Commiphora son fuentes, respectivamente, del incienso y la mirra por los que Somalia es conocida desde la antigüedad.
Una amplia meseta que abarca la ciudad septentrional de Hargeysa, que recibe precipitaciones comparativamente abundantes, está cubierta naturalmente por bosques (gran parte de los cuales han sido degradados por el sobrepastoreo) y en algunos lugares por extensos pastizales. Algunas partes de esta zona se han cultivado desde la década de 1930, produciendo sorgo y maíz; en la década de 1990 constituía la única región importante de cultivo sedentario fuera del suroeste de Somalia.
El Haud al sur de Hargeysa está cubierto en su mayor parte por un bosque semiárido de árboles dispersos, principalmente acacias, sobre el que subyacen pastos que incluyen especies especialmente favorecidas por el ganado como forraje. La vegetación forma patrones espaciales periódicos que recuerdan a la piel de un tigre cuando se ve desde arriba, por lo que se conoce como «mata de tigre». A medida que el Haud se funde con la llanura de Mudug, en el centro de Somalia, la aridez aumenta y la vegetación adquiere un carácter subdesértico. Más al sur, el terreno cambia gradualmente a bosques semiáridos y praderas a medida que aumentan las precipitaciones anuales.
La región que abarca los ríos Shabeelle y Jubba está relativamente bien regada y constituye la zona más cultivable del país. Las tierras bajas entre los ríos son ricas en pastos. Presenta una sabana de árida a subárida, bosques abiertos y matorrales que incluyen frecuentemente abundantes hierbas subyacentes. Hay zonas de pastizales, y en el extremo suroeste, cerca de la frontera con Kenia, se encuentran algunos bosques secos de hoja perenne.
A lo largo del mar de Somalia, desde Hobyo hacia el suroeste hasta cerca de Mogadiscio, se encuentra una franja de dunas costeras secas, la ecorregión de pastizales y matorrales de Hobyo. Esta zona está cubierta de matorrales dispersos y macizos de hierba donde las precipitaciones son suficientes aunque imprevisibles. Gran parte de esta costa está poco poblada, pero el sobrepastoreo, sobre todo al sur de Mogadiscio, ha provocado la destrucción de la cubierta vegetal protectora y el desplazamiento gradual de las dunas, antes estacionarias, hacia el interior. La flora original de esta costa contiene varias especies endémicas y, a partir de principios de la década de 1970, se realizaron esfuerzos para estabilizar estas dunas mediante la replantación. Los mamíferos endémicos son el dik-dik plateado (Madoqua piacentinii), uno de los antílopes más pequeños del mundo, y el topo dorado somalí (Calcochloris tytonis). Otras especies endémicas son dos reptiles, un eslizón Haackgreerius miopus y una lagartija Latastia cherchii, y dos aves, la alondra de Ash (Mirafra ashi) y la alondra de Obbia (Spizocorys obbiensis). La larga lucha política en Somalia ha hecho que la costa esté poco estudiada y que se desconozca el estado del hábitat.
Otra vegetación incluye plantas y hierbas que se encuentran en los pantanos en los que desemboca el río Shabeelle la mayor parte del año y en otros grandes pantanos en el curso del río Jubba inferior. Los pantanos de manglares de África Oriental se encuentran en puntos de la costa, sobre todo desde Kismaayo hasta cerca de la frontera con Kenia. La explotación incontrolada parece haber causado algunos daños en los bosques de esa zona. Otros manglares se encuentran cerca de Mogadiscio y en varios lugares a lo largo de las costas del noreste y del norte.