レパード・コンプレックス遺伝子
アパローザ馬は、登録されているすべてのアパローザがそうであるとは限らないが、独特の模様のある被毛で有名な馬種である。 蹄は縞模様、皮膚は斑点状、眼球は正常な位置でも白い強膜が見える。
アパローザの魅力的な斑点模様は、総称してレオパード・コンプレックスと呼ばれている。 アパローザの核となる特徴、たとえば特徴的な被毛パターン、斑点のある皮膚、縞模様のある蹄、目に見える白い強膜などを示す馬はすべて、優性遺伝のレオパード・コンプレックス（LP）の少なくともひとつのアレルを持つ馬である
逆に言えば、この遺伝子の少なくともひとつのアレルを持つすべての馬がレオパード特性を示すのである。 これは、目に見える被毛の斑点がなければならないということではありません。 一見無地の馬でも、よく見ると強膜が白く、蹄が縦縞で、目や唇、生殖器の周りが斑点になっている例は多く、これらはすべてLP遺伝子の証である。
また、アパローザの中にはサビーノやピントタイプのマーキングが見られるものがありますが、これはピント遺伝子がアパローザのパターンを覆い隠したり、不明瞭にしたりするためです。 (白のピント型が多い馬は、両親がアパローザでもApHCに登録できません。)
複雑な事情
LPは馬の第1染色体（ECA1）にある遺伝子、TRPM1遺伝子における常染色体不完全優性突然変異であり、この遺伝子を持つ馬はアパローザである。 LPは馬の他のパターン形成遺伝子（PATN）、すなわちまだ同定されていない遺伝子と一緒に作用しているという仮説があるが、証明はされていない。 もしそうだとすると、LP遺伝子だけを見ていると、個々の馬の模様ができるメカニズムがよくわからないのも納得がいく。
アメリカのアパローザ・ホース・クラブ（このクラブはアパローザの世界最大の品種登録機関）では、黒、灰、栗、ベイ、バックスキン、パルミノ、クレメロまたはパーリノ、グルラ、ダンなど多くの異なる地色を認めている。
斑は黒い皮膚と重なり、時には「ハロー」に囲まれることもある。
ソリッドカラー?
ソリッドカラーの馬は、アパローザの毛柄の形で、地色はあるが対照色はない。
斑点のある皮膚と、縞蹄や白強膜など少なくとももう1つのレオパードコンプレックス特性を備えていれば、アパローザ馬クラブに登録することが可能である。
アパローザの特徴がなく、両親がアパローザ・ホース・クラブに登録されている馬は、ノン・キャラクターとして登録され、限定された特別な登録ステータスが与えられます。
Changes
アパローザ・ホース・クラブは、子馬が成長したときの姿を予想することが難しくても、早期登録を推奨しています。 また、アパローザは生涯を通じて多少模様が変わり続けることも珍しくない。
他のほとんどの馬種と同様に、アパローザの子馬は通常かなり明るい毛色で生まれ、子馬が産毛を抜くにつれて黒っぽくなる。
ワニスローンやスノーフレーク模様を持つ多くのアパローザの成馬は、生まれたときにはそうではなく、成長するにつれてこのような顕著な外観を持つようになった。
目
目を丸くすると、たいていの馬は白いものが見えるが、アパローザは目を普通の位置に置いても白い強膜がすぐに見える。
強膜とは
強膜は虹彩を囲む目の部分である。
体型
アパローザは豹変複合体であり、登録馬には多様な体型が見られる。
体高は14～16趾で、ApHCはポニーやドラフトを認めていない。