De film speelt zich af in het fictieve stadje Gatlin, Nebraska, een agrarische gemeenschap omringd door enorme maïsvelden. In 1980 lijkt het stadje verwaarloosd, met uitzondering van de kerk, en de bewoners verkiezen Bijbelse namen boven modernere. Als in een jaar de maïsoogst mislukt, gaan de dorpelingen bidden om een succesvolle oogst te garanderen. De 12-jarige Isaac Chroner neemt echter alle kinderen van Gatlin mee de korenvelden in en indoctrineert ze in een religieuze sekte die is gebaseerd op een bloeddorstige godheid genaamd “Hij die achter de rijen loopt”. Isaac en zijn ondergeschikte, de 18-jarige Malachi, leiden de kinderen in een revolutie, waarbij alle volwassenen (van 19 jaar en ouder, aangezien 18-jarigen worden gezien als halverwege tussen tiener en volwassene) in de stad worden vermoord als menselijke offers, door ze te vergiftigen en af te slachten. Alleen Job en zijn zus Sarah zijn er niet bij betrokken, omdat Sarah ziek was en Job de bijeenkomsten in het graan met de andere kinderen niet mocht bijwonen. In de openingscredits wordt onthuld dat Sarah visioenen heeft, die door de aftiteling heen via tekeningen worden uitgebeeld.
Drie jaar later, op 31 oktober 1983, reizen Vicky Baxter en haar vriend Burt Stanton door het landelijke Nebraska op weg naar Seattle, waar Burt als arts zal gaan werken. Elders probeert een jonge jongen genaamd Joseph Gatlin te ontvluchten, maar wordt aangevallen in het graan; hij struikelt op de weg en Burt rijdt hem per ongeluk omver met zijn auto. Burt ontdekt echter dat zijn keel van tevoren was doorgesneden. Burt en Vicky leggen Joseph en zijn koffer in hun kofferbak en gaan op zoek naar een telefoon om hulp te bellen. Ze vinden de bejaarde mecanicien Diehl, de laatste volwassene in Gatlin, maar hij weigert hen dienst; hij heeft een overeenkomst om de kinderen van brandstof te voorzien in ruil voor zijn leven. Maar de genadeloze Malachi verbreekt het pact en vermoordt hem, tegen Isaac’s wens in, wanneer Diehl probeert het echtpaar weg te sturen uit Gatlin.
Vicky en Burt verkennen het verlaten stadje en vinden Sarah alleen in een huis; terwijl Vicky bij haar blijft, doorzoekt Burt de stad. Malachi en zijn volgelingen verschijnen, nemen Vicky gevangen en nemen haar mee naar het maïsveld, waar ze haar aan een kruis hangen om geofferd te worden. Burt gaat de kerk binnen, waar een groep kinderen onder leiding van een meisje genaamd Rachel een cultureel verjaardagsritueel voor Amos uitvoeren door zijn bloed te drinken uit een pentagram-vormige snee op zijn lichaam. Amos is 19 jaar geworden en wordt dus oud genoeg geacht voor zijn “heengaan” – het zich voegen bij hun god in het maïsveld. Burt scheldt de kinderen uit voor deelname aan een bloedritueel en een woedende Rachel steekt Burt neer waarna Malachi en de anderen hem achtervolgen. Job redt Burt en ze verbergen zich in een schuilkelder met Sarah, waar ze vernemen dat Vicky gevangen is genomen, en overeenkomen hem te helpen haar te redden.
De ijverige Isaac scheldt Malachi uit voor zijn verraad bij het doden van Diehl, hun enige bron van brandstof. Malachi, moe van Isaac’s preken, neemt het over en beveelt Isaac te offeren in plaats van Vicky. Isaac waarschuwt Malachi dat het opofferen van hem hun pact met Hij Die Achter de Rijen Loopt zal verbreken en dat de kinderen zwaar gestraft zullen worden. Die nacht sluipt Burt het maïsveld in om Vicky te redden. Tijdens Isaac’s offer verschijnt er een bovennatuurlijk licht dat de schreeuwende Isaac verslindt. Burt komt tevoorschijn en vecht met Malachi. Nadat hij hem op de grond heeft geduwd, overtuigt Burt de kinderen om de sekte te verlaten en zich in veiligheid te brengen. Maar Isaac verschijnt plotseling weer, tot leven gewekt door Hij Die Achter de Rijen Loopt. Hij vertelt Malachi dat de godheid woedend is omdat hij geofferd is. Hij vertelt Malachi dat Hij Die Achter de Rijen Loopt ook zijn offer wil voor zijn verraad, en Isaac grijpt en doodt de doodsbange Malachi door zijn nek te breken.
Een storm steekt op boven het maïsveld, en Burt en Vicky schuilen de kinderen in een schuur. Burt leest een passage in de Bijbel die Job hem geeft; Job onthult ook dat de politieagent probeerde het gasohol op te zetten om Hij Die Achter De Rijen Loopt te stoppen, maar Malachi vermoordde hem voordat hij het kon afmaken. Vicky herleest de passage en realiseert zich dat het maïsveld door vuur moet worden vernietigd om de valse god te stoppen. Burt besproeit het maïsveld met gasohol en gooit een molotovcocktail in het veld, waardoor het in brand vliegt en de demon samen met Isaac wordt vernietigd. Vicky, Burt, Job en Sarah gaan terug naar de auto om Gatlin te verlaten, maar vinden hem onklaar. Rachel valt Burt aan, maar Vicky slaat haar knock-out met de autodeur. Hij is bezorgd om haar daar achter te laten, maar Vicky zegt dat ze haar een beterschapskaart zullen sturen vanuit Seattle, en ze vertrekken met de kinderen.