Fyysis-grafiselta alueeltaan Somalia on vähäeleinen kontrastinen maa. Pohjoisessa Adeninlahden rannikkoa myötäilee merellinen puoliavoin tasanko, jonka leveys vaihtelee noin kahdestatoista kilometristä lännessä vain kahteen kilometriin idässä. Tätä tasankoa, joka tunnetaan nimellä Guban (pensasmaa), halkovat leveät, matalat vesistöt, jotka ovat kuivaa hiekkaa sateisia kausia lukuun ottamatta. Kun sateet saapuvat, kasvillisuus, joka koostuu matalista pensaista ja ruohomättäistä, uusiutuu nopeasti, ja Guban tarjoaa jonkin aikaa laidunmaata nomadien karjalle. Tämä rannikkokaistale on osa Etiopian kuivien ruoho- ja pensasmaiden ekologista aluetta.
Lahden rannikolta sisämaahan päin tasanko nousee jyrkille pohjoiseen suuntautuville kalliojyrkänteille, jotka ovat lohkottuja ylänköjä. Nämä muodostavat jylhät Karkaar-vuoristot, jotka ulottuvat Etiopian luoteisrajalta itään Afrikan sarven kärkeen, jossa ne päättyvät jyrkkiin kallioihin Caseyrissä. Yleinen korkeus näiden vuorten harjanteella on keskimäärin noin 1 800 metriä merenpinnan yläpuolella Berberan satamakaupungin eteläpuolella, ja siitä itään se jatkuu 1 800-2 100 metrin korkeudessa lähes Caseyriin asti. Maan korkein kohta, 2 460 metriin kohoava Shimber Berris, sijaitsee Erigavon kaupungin lähellä.
Etelään päin vuoret laskeutuvat, usein jyrkkinä jyrkänteinä, ylätasangolle, jolla ei ole monivuotisia jokia. Somalialaiset tuntevat tämän rikkonaisen vuoristomaiseman, matalien tasankolaaksojen ja yleensä kuivien vesistöjen muodostaman alueen nimellä Ogo.
Ogon erityisen kuivassa itäosassa useiden erillisten vuorijonojen rikkoma tasanko laskee asteittain kohti Somalianmerta ja muodostaa Keski-Somaliassa Mudugin tasangon. Tämän itäosan tärkein piirre on pitkä ja laaja Nugaalin laakso, jossa on laaja verkosto ajoittaisia kausittaisia vesistöjä. Nugaal-joki laskee Somalianmereen Eylissä. Itäisen alueen väestö koostuu pääasiassa paimentolaisnomadeista, jotka elättävät itsensä vähäsateisella ja epäsäännöllisesti sateisella alueella.
Ogon tasangon länsiosan läpi kulkee lukuisia matalia laaksoja ja kuivia vesistöjä. Vuotuiset sademäärät ovat suuremmat kuin idässä, ja siellä on tasaisia peltoalueita, jotka tarjoavat asuinpaikan kuivaviljelijöille. Tärkeintä on, että läntisellä alueella on pysyviä kaivoja, joihin pääasiassa paimentolaisväestö palaa kuivina kausina. Läntinen ylätasanko viettää loivasti etelään ja sulautuu huomaamattomasti Haudiksi kutsuttuun alueeseen, joka on leveää, kumpuilevaa maastoa ja joka on Somalian nomadien parhaita laidunmaita siitä huolimatta, että yli puolet vuodesta ei ole merkittävää sadetta. Haudin arvoa lisäävät luonnolliset painanteet, jotka sateisina aikoina muuttuvat tilapäisiksi järviksi ja lammikoiksi.
Haudin vyöhyke jatkuu yli kuudenkymmenen kilometrin päähän Etiopiaan, ja laaja Somalian ylätasanko, joka sijaitsee pohjoissomalialaisten vuorten ja Kaakkois-Etiopian ylänköjen välissä, ulottuu etelään ja itään Etiopian halki Keski-Somalian keskiosaan ja Lounais-Somaliaan. Etiopiassa sijaitsevasta Haudin alueen osasta tehtiin sopimus siirtomaa-aikana. Britit ”palauttivat” vuonna 1948 toisen maailmansodan aikaisten liittolaistensa painostuksesta ja somalialaisten tyrmistykseksi Haudin (tärkeä somalialaisten laidunalue, jota oli oletettavasti ”suojeltu” brittiläisten ja somalialaisten välillä vuosina 1884 ja 1886 tehdyillä sopimuksilla) ja Ogadenin Etiopialle vuonna 1897 solmitun sopimuksen perusteella, jossa britit luovuttivat somalialaisia alueita Etiopian keisarille Menelikille vastineeksi siitä, että tämä auttoi Etiopian keisari Menelikiä torjumaan somalialaisten klaanien harjoittamaa ryöstelyä. Britannia sisällytti sopimukseen ehdon, jonka mukaan Somalian nomadit säilyttävät itsehallintonsa, mutta Etiopia vaati heti itselleen suvereniteettia. Tämä johti siihen, että Yhdistynyt kuningaskunta yritti vuonna 1956 epäonnistuneesti ostaa takaisin luovuttamansa Somalian maat. Kyseinen maa-alue on sittemmin ollut merkittävä alueellisten riitojen lähde.
Lounais-Somaliaa hallitsevat maan ainoat kaksi pysyvää jokea, Jubba ja Shabeelle. Nämä joet, joiden lähteet ovat Etiopian ylängöllä, virtaavat yleensä etelän suuntaan ja leikkaavat laajoja laaksoja Somalian tasangolle sen laskeutuessa kohti merta; tasangon korkeus laskee nopeasti tällä alueella. Viereinen rannikkovyöhyke, joka käsittää jokien alajuoksut ja ulottuu Mudugin tasangolta Kenian rajalle, on keskimäärin 180 metriä merenpinnan yläpuolella.
Jjubba-joki laskee Somalianmereen Kismaayossa. Vaikka Shabeelle-joki aikoinaan ilmeisesti myös laski mereen Mercan lähellä, sen uoman uskotaan muuttuneen esihistoriallisella ajalla. Shabeelle-joki kääntyy nyt lounaaseen Balcadin lähellä (noin kolmekymmentä kilometriä Mogadishusta pohjoiseen) ja kulkee rannikkoa pitkin yli kahdeksankymmentäviisi kilometriä. Joki on monivuotinen vain Mogadishun lounaispuolella sijaitsevaan pisteeseen asti; sen jälkeen se koostuu suoalueista ja kuivista uomista, ja lopulta se hukkuu hiekkaan Jilibin itäpuolella, lähellä Jubba-jokea. Tulva-aikoina Shabeelle-joki voi täyttää uomansa Jilibin lähellä sijaitsevaan pisteeseen asti, ja toisinaan se voi jopa purkautua Jubba-jokeen etelämpänä. Suotuisat sade- ja maaperäolosuhteet tekevät koko jokialueesta hedelmällisen maatalousalueen ja maan suurimman istutusväestön keskuksen.
Suurimmassa osassa Pohjois-, Koillis- ja Koillis-Somaliaa, jossa sademäärät ovat vähäisiä, kasvillisuus koostuu hajanaisista matalista puista, mukaan lukien erilaiset akaciat, ja laajalti hajaantuneista ruoholaikuista. Tämä kasvillisuus väistyy matalien pensaiden ja ruohoryppäiden yhdistelmän tieltä Koillis-Somalian erittäin kuivilla alueilla ja Adeninlahden varrella.
Korkeuden ja sademäärän kasvaessa pohjoisen merialueilla kasvillisuus muuttuu tiheämmäksi. Aloet ovat yleisiä, ja Ugon korkeammilla tasankoalueilla on metsää. Muutamissa yli 1 500 metrin korkeudessa sijaitsevissa paikoissa esiintyy katajametsän jäänteitä (jotka ovat valtion suojelemia) ja alueita, joilla kasvaa Euphorbia candelabrumia (kattokruunun tyyppinen piikkikasvi). Koillisosan kuivemmilla ylänköalueilla Boswellia- ja Commiphora-puut ovat suitsukkeen ja mirhan lähteitä, joista Somalia on tunnettu jo muinaisista ajoista lähtien.
Hargeysan pohjoista kaupunkia ympäröivä laaja tasanko, joka saa verrattain runsaita sateita ja jota peittää luonnostaan metsämaata (josta suuri osa on tuhoutunut liikalaiduntamisen vuoksi) ja paikoin laajoja niittyjä. Osalla tästä alueesta on viljelty durraa ja maissia 1930-luvulta lähtien, ja 1990-luvulla se oli ainoa merkittävä istutusviljelyalue Lounais-Somalian ulkopuolella.
Hargeysan eteläpuolella sijaitsevan Haudin peittää enimmäkseen puolikuivaa metsää, jossa on hajanaisia puita, pääasiassa akaasiaa, ja jonka alla kasvaa ruohoja, joihin kuuluu erityisesti karjan rehuna käyttämiä lajeja. Kasvillisuus muodostaa alueellisesti jaksoittaisia kuvioita, jotka ylhäältä katsottuna muistuttavat tiikerin nahkaa, ja siksi ne tunnetaan nimellä ”tiikeripuska”. Haudin yhtyessä Keski-Somaliassa sijaitsevaan Mudugin tasankoon kuivuus lisääntyy ja kasvillisuus muuttuu subdesertiksi. Etelämpänä maasto muuttuu vähitellen puolikuiviksi metsä- ja niittyalueiksi vuotuisen sademäärän kasvaessa.
Shabeelle- ja Jubba-jokien ympärillä oleva alue on suhteellisen hyvin kasteltu, ja se muodostaa maan viljeltävimmän alueen. Jokien välisellä alankoalueella on runsaasti laidunmaita. Alueella on kuivasta subaridiin vaihtelevaa savannia, avointa metsää ja tiheikköjä, joissa on usein runsaasti ruohoja. Alueella on niittyjä, ja kaukana lounaassa, lähellä Kenian rajaa, on joitakin kuivia ikivihreitä metsiä.
Somalianmeren varrella Hobyosta lounaaseen ja Mogadishun lähelle ulottuu kuivien rannikkohiekkadyynien alue, Hobyon ruoho- ja pensasmaat ekologinen alue. Tätä aluetta peittävät hajanaiset pensas- ja ruohotyypit, joiden sademäärät ovat riittävät, vaikkakin arvaamattomat. Suuri osa rannikosta on harvaan asuttua, mutta liikalaiduntaminen erityisesti Mogadishun eteläpuolella on johtanut suojaavan kasvipeitteen tuhoutumiseen ja aikoinaan paikallaan olleiden dyynien vähittäiseen siirtymiseen sisämaahan. Rannikon alkuperäiseen kasvistoon kuuluu useita endeemisiä lajeja, ja 1970-luvun alusta lähtien dyynit pyrittiin vakauttamaan istuttamalla niitä uudelleen. Kotoperäisiä nisäkkäitä ovat hopeadik-dik (Madoqua piacentinii), yksi maailman pienimmistä antiloopeista, ja somalialainen kultamyyrä (Calcochloris tytonis). Muita endeemisiä lajeja ovat kaksi matelijalajia, skinkki Haackgreerius miopus ja lisko Latastia cherchii, sekä kaksi lintulajia, Ash’s lark (Mirafra ashi) ja Obbia lark (Spizocorys obbiensis). Somalian pitkäaikaisten poliittisten selkkausten vuoksi rannikkoa on tutkittu huonosti ja sen elinympäristön tila on tuntematon.
Muuta kasvillisuutta ovat kasvit ja ruohot, joita tavataan soilla, joihin Shabeelle-joki laskee suurimman osan vuodesta, sekä muilla Jubba-joen alajuoksulla sijaitsevilla suurilla soilla. Itä-Afrikan mangrovensuota esiintyy rannikolla erityisesti Kismaayosta Kenian rajan läheisyyteen. Hallitsematon hyödyntäminen näyttää aiheuttaneen jonkin verran vahinkoa alueen metsille. Muita mangroveja on Mogadishun lähellä ja useissa paikoissa koillis- ja pohjoisrannikolla.