Fysiografisch gezien is Somalië een land met weinig contrasten. In het noorden strekt zich een halfwoestijnvlakte uit langs de kust van de Golf van Aden. De breedte varieert van ongeveer twaalf kilometer in het westen tot slechts twee kilometer in het oosten. Deze met struikgewas begroeide vlakte, die bekend staat als de Guban (struikland), wordt doorsneden door brede, ondiepe waterlopen die, behalve in de regentijd, bestaan uit droge zandbeddingen. Wanneer de regens komen, wordt de vegetatie, die een combinatie is van lage struiken en graspollen, snel vernieuwd en biedt de guban enige tijd weidegrond voor nomadisch vee. Deze kuststrook maakt deel uit van de Ethiopische xerische graslanden en struikgewassen ecoregio.
In het binnenland van de golfkust, stijgt de vlakte tot de steile noordwaarts gerichte kliffen van de ontleedde hooglanden. Deze vormen de ruige Karkaar bergketens die zich uitstrekken van de noordwestelijke grens met Ethiopië oostwaarts tot de punt van de Hoorn van Afrika, waar zij eindigen in steile kliffen bij Caseyr. De algemene hoogte langs de kam van deze bergen bedraagt ongeveer 1.800 meter boven de zeespiegel ten zuiden van de havenstad Berbera, en oostwaarts van dat gebied gaat het verder op 1.800 tot 2.100 meter bijna tot Caseyr. Het hoogste punt van het land, Shimber Berris, dat 2.460 meter hoog is, ligt in de buurt van de stad Erigavo.
Zuidwaarts dalen de bergen, vaak in schuine richels, af naar een hoogvlakte zonder overblijvende rivieren. Dit gebied van gebroken bergterrein, ondiepe plateauvalleien en gewoonlijk droge waterlopen staat bij de Somaliërs bekend als de Ogo.
In het bijzonder dorre oostelijke deel van de Ogo loopt het plateau, doorbroken door verscheidene geïsoleerde bergketens, geleidelijk af in de richting van de Somalische Zee en vormt in centraal Somalië de Mudug-vlakte. Een belangrijk kenmerk van dit oostelijk deel is de lange en brede Nugaalvallei, met een uitgebreid netwerk van intermitterende seizoengebonden waterlopen. De Nugaal-rivier mondt bij Eyl uit in de Somalische Zee. De bevolking van het oostelijk deel bestaat hoofdzakelijk uit nomadische herders die hun kostje bijeen scharrelen in een gebied met weinig en onregelmatige regenval.
Het westelijk deel van het Ogo-plateau wordt doorsneden door talrijke ondiepe valleien en droge waterlopen. De jaarlijkse regenval is er groter dan in het oosten, en er zijn vlakke stukken bouwland die een thuis bieden aan landarbeiders. Het belangrijkste is dat het westelijke gebied permanente waterputten heeft waarnaar de overwegend nomadische bevolking tijdens de droge seizoenen terugkeert. Het westelijk plateau helt zachtjes af in zuidelijke richting en gaat ongemerkt over in een gebied dat bekend staat als de Haud, een breed, golvend terrein dat enkele van de beste weidegronden voor Somalische nomaden vormt, ondanks het feit dat er meer dan de helft van het jaar geen noemenswaardige regen valt. De waarde van de Haud wordt nog vergroot door de natuurlijke depressies die in perioden van regen tot tijdelijke meren en vijvers uitgroeien.
De Haud-zone loopt meer dan zestig kilometer Ethiopië in, en het uitgestrekte Somalische Plateau, dat tussen de noordelijke Somalische bergen en de hooglanden van zuidoost Ethiopië ligt, strekt zich in zuidelijke en oostelijke richting door Ethiopië uit tot in centraal en zuidwest Somalië. Het deel van de Haud dat binnen Ethiopië ligt, was het onderwerp van een overeenkomst die tijdens het koloniale tijdperk werd gesloten. Onder druk van hun bondgenoten tijdens de Tweede Wereldoorlog en tot ontzetting van de Somaliërs “gaven” de Britten in 1948 de Haud (een belangrijk weidegebied van de Somaliërs dat vermoedelijk “beschermd” was door Britse verdragen met de Somaliërs in 1884 en 1886) en de Ogaden terug aan Ethiopië, op basis van een verdrag uit 1897 waarin de Britten Somalisch grondgebied overdroegen aan de Ethiopische keizer Menelik in ruil voor diens hulp tegen plunderingen door Somalische clans. Groot-Brittannië stelde daarbij als voorwaarde dat de Somalische nomaden hun autonomie zouden behouden, maar Ethiopië eiste onmiddellijk de soevereiniteit over hen op. Dit leidde in 1956 tot een vergeefse poging van Groot-Brittannië om het Somalische land dat het had overgedragen, terug te kopen. Het stuk land is sindsdien een aanzienlijke bron van regionale strijd geweest.
Zuidwest-Somalië wordt gedomineerd door de enige twee permanente rivieren van het land, de Jubba en de Shabeelle. Deze rivieren ontspringen in de Ethiopische hooglanden en stromen over het algemeen in zuidelijke richting, waarbij zij brede valleien doorsnijden in het Somalisch Plateau, dat afdaalt naar zee; de hoogteligging van het plateau neemt in dit gebied snel af. Het aangrenzende kustgebied, dat de benedenloop van de rivieren omvat en zich uitstrekt van de Mudugvlakte tot aan de Keniaanse grens, ligt gemiddeld 180 meter boven de zeespiegel.
De Jubba-rivier mondt bij Kismaayo uit in de Somalische Zee. Hoewel de Shabeelle-rivier ooit blijkbaar ook de zee bereikte bij Merca, zou de loop ervan in de prehistorie veranderd zijn. De Shabeelle draait nu zuidwestwaarts bij Balcad (ongeveer dertig kilometer ten noorden van Mogadishu) en volgt de kust over een afstand van meer dan vijfentachtig kilometer. De rivier is slechts overblijvend tot een punt ten zuidwesten van Mogadishu; daarna bestaat zij uit moerassige gebieden en droge gedeelten en gaat tenslotte verloren in het zand ten oosten van Jilib, niet ver van de rivier de Jubba. Tijdens de hoogseizoenen kan de Shabeelle-rivier haar bedding vullen tot een punt bij Jilib en soms zelfs doorbreken naar de Jubba-rivier verder naar het zuiden. Gunstige regenval en bodemgesteldheid maken het gehele riviergebied tot een vruchtbaar landbouwgebied en het centrum van de grootste sedentaire bevolking van het land.
In het grootste deel van Noord-, Noordoost-, en Noord-Centraal Somalië, waar de regenval gering is, bestaat de vegetatie uit verspreide lage bomen, waaronder diverse acacia’s, en wijdverspreide grasvlakten. Deze vegetatie maakt plaats voor een combinatie van lage struiken en graspollen in de zeer dorre gebieden van het noordoosten en langs de Golf van Aden.
Naarmate de hoogte toeneemt en de regenval in de maritieme gebieden van het noorden, wordt de vegetatie dichter. Aloë’s zijn algemeen, en op de hoger gelegen plateau’s van de Ogo zijn bosgebieden. Op enkele plaatsen boven de 1500 meter komen de overblijfselen van jeneverbesbossen (door de staat beschermd) en gebieden met Euphorbia candelabrum (een kandelaarachtige stekelplant) voor. In de meer dorre hooglanden van het noordoosten zijn Boswellia- en Commiphorabomen de bronnen van respectievelijk de wierook en de mirre waarvoor Somalië sinds de oudheid bekend is.
Een breed plateau dat de noordelijke stad Hargeysa omgeeft, waar relatief veel regen valt, is van nature bedekt met bos (waarvan een groot deel door overbegrazing is aangetast) en op sommige plaatsen met uitgestrekte graslanden. In delen van dit gebied wordt sedert de jaren 1930 sorghum en maïs verbouwd; in de jaren 1990 was dit het enige sedentaire teeltgebied van betekenis buiten het zuidwesten van Somalië.
De Haud ten zuiden van Hargeysa is grotendeels bedekt met een halfdroog bos van verspreide bomen, hoofdzakelijk acacia’s, bedekt met grassen, waaronder soorten die vooral door het vee als voedergewas worden gebruikt. De vegetatie vormt er ruimtelijk periodieke patronen die van bovenaf gezien doen denken aan een tijgervel en staat daarom bekend als “tiger bush”. Naarmate de Haud overgaat in de Mudug-vlakte in Centraal-Somalië, neemt de droogte toe en krijgt de vegetatie een subwoestijnachtig karakter. Verder zuidwaarts verandert het terrein geleidelijk in halfdroge bossen en graslanden naarmate de jaarlijkse neerslag toeneemt.
Het gebied rond de rivieren de Shabeelle en de Jubba is relatief goed van water voorzien en vormt het meest akkerbouwgebied van het land. Het laagland tussen de rivieren is rijk aan weidegrond. Het wordt gekenmerkt door dorre tot subaride savanne, open bos, en struwelen met vaak overvloedige onderliggende grassen. Er zijn gebieden met grasland, en in het uiterste zuidwesten, dicht bij de Keniaanse grens, worden enkele droge altijd groene bossen gevonden.
Langs de Somalische Zee van Hobyo zuidwestwaarts tot dicht bij Mogadishu ligt een strook droge kustzandduinen, de Hobyo graslanden en struikgewassen ecoregio. Dit gebied is bedekt met verspreide struik- en graspollen waar voldoende, maar onvoorspelbare neerslag valt. Een groot deel van deze kust is dunbevolkt, maar overbegrazing, vooral ten zuiden van Mogadishu, heeft geleid tot de vernietiging van het beschermende vegetatiedek en de geleidelijke verplaatsing van de eens zo statische duinen landinwaarts. De oorspronkelijke flora van deze kust omvat een aantal endemische soorten en vanaf het begin van de jaren 1970 werden pogingen ondernomen om deze duinen te stabiliseren door herbeplanting. Endemische zoogdieren zijn de zilverdik (Madoqua piacentinii), een van ’s werelds kleinste antilopen, en de Somalische goudmol (Calcochloris tytonis). Andere endemische soorten zijn twee reptielen, een skink Haackgreerius miopus en een hagedis Latastia cherchii en twee vogels, de Ash’s leeuwerik (Mirafra ashi) en de Obbia leeuwerik (Spizocorys obbiensis). Door de langdurige politieke onrust in Somalië is de kust slecht bestudeerd en is de toestand van de habitat onbekend.
Andere vegetatie omvat planten en grassen die voorkomen in de moerassen waarin de Shabeelle-rivier het grootste deel van het jaar uitmondt en in andere grote moerassen in de loop van de benedenloop van de Jubba-rivier. Oostafrikaanse mangrovemoerassen worden aangetroffen op plaatsen langs de kust, met name van Kismaayo tot dicht bij de Keniaanse grens. Ongecontroleerde exploitatie schijnt enige schade te hebben toegebracht aan de bossen in dat gebied. Andere mangroves bevinden zich nabij Mogadishu en op een aantal plaatsen langs de noordoostelijke en noordelijke kust.